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强攻略2: 史上全非编码RNA数据库汇总解读

2023-09-23 10:13:00

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***单元

lncRNA数据库

长链非编码RNA(Long non-coding RNA, lncRNA)是长度大于 200 个核苷酸的非编码RNA。研究表明, lncRNA 在剂量补偿效应、表观遗传调控、细胞周期调控和细胞分化调控等众多生命活动中发挥重要作用，成为遗传学研究热点。以下是针对长链非编码lncRNA的数据库：

01

LncRNA Disease datebase

http://www.cuilab.cn/lncrnadisease

LncRNADisease数据库整理了实验支持的lncRNA-疾病关联数据的资源，还整合了用于预测新型lncRNA-疾病关联的工具该数据，旨在提供人类lncRNA的***功能注释。此外，LncRNADisease还可以在各种水平上促进lncRNA相互作用，包括蛋白质，RNA，miRNA和DNA，目前提供1564个人类lncRNAs对疾病的预测结果。

详情请戳：LncRNADisease：IncRNA相关疾病数据库

02

IncRNASNP

http ：//bioinfo.life.hust.edu.cn/lncRNASNP

IncRNASNP 是提供人、小鼠长链非编码RNA（lncRNA）中单核苷酸多态性（SNP）的***资源的数据库。它包含lncRNA中的SNP位点，探究SNP对lncRNA结构的影响，lncRNA中的突变以及lncRNA：miRNA结合，分析SNP位点对于lncRNA与miRNA结合的影响。lncRNASNP2数据库中人类lncRNA和SNP的数量已更新为141,353和10,205,295。

详情请戳：lncRNASNP：LncRNA相关SNP突变数据库

03

Lnc2Cancer

http : //www.bio-bigdata.net/lnc2cancer/

Lnc2Cancer是一个手动管理的数据库，作者在PUBMED搜集了超过6500篇文献中LncRNA与癌症之间的关联，完善了lncRNA-癌症关联并进行了注释，可提供lncRNA或circRNA与人类癌症之间***的实验支持关联进行评分以及能够浏览癌症中LncRNA谱的高通量实验。

详情请戳： Lnc2Cancer：肿瘤相关lncRNA数据库

04

RNALocate

http://www.rna-society.org/rnalocate

RNALocate是提供一个RNA亚细胞定位的***的处理、浏览和分析的资源库。当前版本的RNALocate记录了超过190,000个与RNA相关的亚细胞定位条目，并提供了实验和预测证据，涉及65种物种中超过105,000个具有44个亚细胞定位的RNA，主要包括智人，小家鼠和酿酒酵母等，有超过21800条RNA（9种RNA类型，包括mRNA, miRNA, lncRNA等等）和42种亚细胞定位（主要包括细胞核、细胞质、内质网和核糖体等）。

详情请戳：RNALocate：非编码RNA亚细胞定位检索工具

05

LNCipedia

https://lncipedia.org/

LNCipedia是一个公共数据库，用于存储较长的非编码RNA（lncRNA）序列和注释。该数据库整合了多个人类（Human）lncRNA数据库信息，很大程度上解决了lncRNA数据库各自为政的问题。整合的数据库包括LncRNAdb、Broad Institute、Ensembl、Gencode、Refseq等，并赋予了它们统一ID，同时还包含ncRNA转录本在基因组位置、长度、结构、miRNA结合、lncRNA在其他数据库中相关记录等信息。使用者可以在该数据库中录入、搜索和下载lncRNA相关信息现在已经升级到5.3版本。

详情请戳：LNCipedia:人类lncRNA数据库

06

AnnoLnc

http://annolnc.gao-lab.org/

AnnoLnc是一个系统地注释新的人类lncRNA的一站式网站。目前是该工具基于700多个数据资源和各种工具链，AnnoLnc的系统性注释涵盖了基因组位置，二级结构，表达模式，转录调控，miRNA相互作用，蛋白质相互作用，遗传关联和进化。

详情请戳：Annolnc:一站式lncRNA查询数据库

第二单元

MicroRNA数据库

MicroRNA(miRNA )是一类内生的、长度约为20-24个核苷酸的小 RNA，其在细胞内具有多种重要的调节作用。每个 miRNA 可以有多个靶基因的表达，而几个 miRNA 也可以调节同一个基因的表达。据推测，miRNA 调节着人类三分之一的基因。以下是针对miRNA的数据库：

01

YM500v2

http://ngs.ym.edu.tw/ym500v2/index.php

YM500v2是用于个人smRNA-seq数据集的miRNA定量，是鉴定miRNA 和新型miRNA预测的集成数据库。YM500v2中包含了YM500之后开发的与miRNA相关的新算法，纳入了8000多个与癌症相关的smRNA-seq数据集，可用于microRNA研究，是miRNA的表达谱数据以及相关分析。YM500v2可用于靶基因预测、组间差异表达等分析进行处理。

详情请戳：YM500v2：用于人类癌症miRNA研究的小型RNA测序数据库

02

Starbase

http://starbase.sysu.edu.cn/

Starbase结合源自10882个RNA-seq和10546个miRNA-seq数据的32种癌症的基因表达数据，ENCORI允许研究人员对RNA-RNA和RBP-RNA相互作用进行泛癌分析，还提供平台进行miRNA，lncRNA，假基因和mRNA的存活和差异表达分析。不仅可以分别显示多个miRNA靶基因预测结果，还囊括了多种miRNA的功能信息和其在肿瘤中表达情况。

详情请戳：Starbase：研究RNA，有人不知道它吗

03

miRWalk

http://mirwalk.umm.uni-heidelberg.de/

miRWalk是一个综合性的miRNA靶基因数据库，收录了Human、Mouse、Rat、Dog、cow等多个物种的miRNA靶基因信息，不仅仅记录了基因全长序列上的miRNA结合位点，也会将其与已有的12个miRNA靶标预测程序的预测结合信息集合进行结合关联。

详情请戳：miRwalk：搞定miRNA靶点预测及验证的宝藏网站

04

DIANA tools

http://diana.imis.athena-innovation.gr/DianaTools/index.php

DIANA tools，是一个集合了miRNA和lncRNA相关研究的数据库，目的是提供一种算法数据库和软件，用于在系统框架中解释和归档数据，范围包括从深度测序数据的表达调控分析。该数据库能够分析miRNA与靶基因，miRNA与信号通路，miRNA与lncRNA的相关分析，以及自动分析数据，并且可以直接根据序列（新miRNA）预测靶基因，我们还能够查询miRNA发表的相关文章，miRNA相关的启动子、调控因子、转录因子内容也是有的。

详情请戳：DIANA Tools：全能型miRNA研究选手

05

SomamiR

http://compbio.uthsc.edu/SomamiR/home.php

SomamiR是microRNA（miRNA）及其靶点中癌症体细胞突变的数据库，集成了多种类型的数据，用于研究体细胞和种系突变对癌症中miRNA功能的影响。数据库还提供了存在miRNA靶序列体细胞突变与肿瘤相关的基因及其参与的通路。

详情请戳：SomamiR：肿瘤细胞miRNA突变位点专用数据库

06

miRNEST

http://rhesus.amu.edu.pl/mirnest/copy/

miRNEST是一个整合了动物，植物和病毒microRNA数据的综合数据库，这是一个集成的microRNAs资源。数据库的核心部分是作者根据225种动物和202种植物的表达序列标签（EST）进行的miRNA预测。其中包括生效的miRNA序列，小RNA测序数据，表达，多样性，靶标数据和进入外部miRNA资源的链接。

详情请戳：miRNEST：动植物多物种miRNA数据库

07

TargetScan

http://www.targetscan.org/vert_72/

TargetScan是一款预测miRNA结合位点的软件，对于哺乳动物中miRNA结合位点预测的效果很好。在预测miRNA靶基因之前，首先需要确定转录本的3’UTR区域，TargetScan数据库通过一种名为3P-seq的测序技术，确定转录本对应的3’UTR区（哺乳动物中的miRNA通过结合转录本序列的3’UTR区，从而发挥转录后调控作用），并且结合该技术的分析结果和NCBI中已有的3’UTR注释，提供一个综合的3’UTR区序列。

详情请戳：TargetScan: miRNA靶基因数据库

08

miRcode

http ：//bioinfo.life.hust.edu.cn/lncRNASNP

miRcode-基于***的GENCODE基因注释，提供了“整个转录组”人类microRNA靶标预测，覆盖完整的GENCODE注释的转录组，包括10419条已经注册的lncRNA，转录本注释来源于Gencode v11版本，并将转录本划分成了不同类别.miRcode还涵盖了编码基因，包括非典型区域，例如5'UTR和CDS。miRcode与TargetScan相比，主要增加了ncRNA和非3’UTR区的检索。

详情请戳：miRcode：转录组miRNA靶点预测图谱

第三单元

circRNA数据库

环状RNA（circRNA）是一类特殊的非编码RNA分子（在活体中有时也有表达），也是RNA领域***的研究热点。与传统的线性RNA（linear RNA，含5’和3’末端）不同，circRNA分子呈封闭环状结构，不受RNA外切酶影响，表达更稳定，不易降解。大概在2010年开始，RNA-seq技术的发展以及专门的计算管道开发，引爆了circRNA 研究。以下是针对circRNA的数据库：

01

circBase

http://www.circbase.org/

circBase 是一个环状RNA的数据库，收录多个物种的circRNA信息，采用了find_circ软件来预测去核糖体文库中的circRNA，数据库可以单个环状和列表形式对环状RNA进行搜索，还可以把全部环状RNA下下来，部署到本地服务器上面，还可以像UCSC一样使用序列进行blat比对。

详情请戳：circBase 数据库：研究环状RNA，怎能忘记它

02

CIRCpedia v2

http://www.picb.ac.cn/rnomics/circpedia

CIRCpedia v2是一个更新的综合数据库，其中包含来自六个不同物种（人、大小鼠、果蝇、斑马鱼）的180多个RNA-seq数据集的circRNA注释，识别262782个环状RNA。还可以通过物种，细胞系，基因名称或者基因组位置，circpedia中的circRNA进行检索，数据库会给出环状RNA ID来源基因，对应的线性转录本，表达量，外显子的起始和终止位置，细胞系，保守性等信息，并可以用热图或者散点图的形式展现环状RNA在不同组织或者细胞系中的表达量。

详情请戳：CIRCpedia v2：circRNA注释及表达数据库

03

circRNADisease

http://cgga.org.cn:9091/circRNADisease/

circRNADisease是基于已有实验验证的circRNA和疾病关联的在线数据库，系统地核实了800多个已发表的文献，并收集整理了330种circRNA和48种疾病。circRNADisease中的每个条目均包含有关circRNA-疾病关联的详细信息，包括circRNA和疾病名称，circRNA表达模式，以及关于circRNA的简要功能说明和其他注释信息，注释物种主要是人。

详情请戳：circRNADisease：疾病相关circRNA数据库

往期回顾：***强攻略：史上***全单细胞数据库汇总解读

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