生信学习,咨询,代做,请关注公众号:生信风暴。或添加客服微信:ShengxinBoss1

8+网络药理学生信思路,来一篇吗?

基因组分析 管理员 394℃ 0评论
8+网络药理学生信思路,来一篇吗?插图

今天给同学们分享一篇关于维生素C(VC)与脓毒症的文章“Therapeutic targets and signaling mechanisms of vitamin C activity against sepsis: a bioinformatics study”,这篇文章于2020年1月发表在Briefings in Bioinformatics杂志上,影响因子IF=8.99,即时IF=10.38。文章作者通过TCMSP以及Drugbank等众多数据库,筛选出脓毒症与VC的潜在靶点,再对靶点进行通路分析,得出VC抗脓毒症的药理学通路。

Therapeutic targets and signaling mechanisms of

vitamin C activity against sepsis:bioinformatics

study

维生素C抗脓毒症治疗靶点和信号机制的生物学研究

结果解读

1.流程图

图1是这篇文章的具体流程图,该图基于优先级排序,并通过系统的网络药理学方法,显示出VC抗脓毒症的作用网络

8+网络药理学生信思路,来一篇吗?插图1

Fig1 研究流程图

2.靶点筛选与PPI网络的构建

作者通过DisGeNET数据库(score>0.1)和Genecard数据库(score>1),共筛选出1704个脓毒症相关基因;再通过TCMSP和Swiss Target Prediction数据库筛选鉴定出VC药物靶标,并使用Uniprot数据库鉴定了161个VC靶标(已去除重复项),VC靶点与脓毒症靶点取交集,获得63个交集靶点(图2)。最后通过string数据库上传63个交集靶点,得到交集靶点的PPI网络(置信度>0.7)。

8+网络药理学生信思路,来一篇吗?插图2

Fig 2 venn图得出的交集靶点

3.PPI网络拓扑参数及核心靶点的筛选

作者将string数据库得到的蛋白导入cytoscape软件中,计算脓毒症相关蛋白与VC相互作用网络的拓扑参数,靶点的中位自由度为7.055,最大自由度为18。核心靶点筛选条件的纳入标准设定为15和18,以获得最佳的四个核心靶点。四个核心靶点分别是表皮生长因子受体(EGFR)、有丝分裂激活蛋白激酶-1 (MAPK1)、原癌基因c (JUN)以及信号转导和转录激活因子-3 (STAT3)(图3)

8+网络药理学生信思路,来一篇吗?插图3

Fig 3 VC抗脓毒症的核心基因

4.核心基因的GO-KEGG富集分析

使用R包“Clusterprofiler”对4个核心基因进行GO BP和KEGG富集分析,GO BP和KEGG富集结果通过柱状图和气泡图可视化(图4A-C)(图5A-C);结果表明,GO BP主要富集的通路是:肌肉细胞增殖、细胞的对镉离子的反应、对镉离子的反应、上皮的细胞增殖、星形胶质细胞分化等等;KEGG主要富集的通路是:程序性死亡配体、ErbB信号通路、GnRH信号通路、内分泌抵抗等等。

8+网络药理学生信思路,来一篇吗?插图4

Fig 4 GO BP通路富集结果

8+网络药理学生信思路,来一篇吗?插图5

Fig 5 KEGG通路富集结果

5.网络图的构建

作者使用cytoscape软件,生成了针对脓毒症靶点的VC网络图和核心基因相关通路的相互作用图(图6)。核心基因以红色突出显示

8+网络药理学生信思路,来一篇吗?插图6

Fig 6 VC-脓毒症的核心基因与通路的相互作用

小结

文章作者通过网络药理学的方法,筛选出VC与脓毒症的潜在治疗靶点,再对核心靶点进行通路分析,突出了VC抗脓毒症的药理学通路,为脓毒症的治疗提供了新的思路。对网络药理学感兴趣的同学,欢迎咨询,我们这里有更前沿的思路。

8+网络药理学生信思路,来一篇吗?插图7
扫码或添加微信沟通:ShengxinBoss1
往期回顾:
最强攻略1:史上最全单细胞数据库汇总解读
最强攻略2:史上最全非编码RNA数据库汇总解读
最强攻略3:史上最全外泌体数据库汇总解读
最强攻略4:史上最全甲基化表观调控数据库汇总解读
最强攻略5:史上最全转录调控数据库汇总解读
最强攻略6:史上最全网络药理学数据库汇总解读

8+网络药理学生信思路,来一篇吗?插图8

转载请注明:智汇基因 » 8+网络药理学生信思路,来一篇吗?

喜欢 (0)
发表我的评论
取消评论
表情

Hi,您需要填写昵称和邮箱!

  • 昵称 (必填)
  • 邮箱 (必填)
  • 网址