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2.587分TCGA生信分析:基于网络药理学和分子对接探索猕猴桃抗肝细胞癌的潜在靶点及肝细胞癌免疫相关预后特征的开发与验证

生信基础 管理员 68℃ 0评论

题目:Exploring potential targets of Actinidia chinensis Planch root against hepatocellular carcinoma based on network pharmacology and molecular docking and development and verification of immune-associated prognosis features for hepatocellular carcinoma

杂志:J Gastrointest Oncol

日期:2022年6月

Doi:10.21037/jgo-22-398

2.587分TCGA生信分析:基于网络药理学和分子对接探索猕猴桃抗肝细胞癌的潜在靶点及肝细胞癌免疫相关预后特征的开发与验证插图

 

背景:肝细胞癌(HCC)是全球发病率和死亡率最高的恶性肿瘤之一,其预后仍然是一个挑战。 Actinidia chinensis Planch (ACP) 根对 HCC 具有良好的疗效。本研究旨在探索 ACP 与 HCC 潜在靶标之间的联系,并开发一种新的基于免疫的基因特征来预测 HCC 患者的存活率。

 

方法:HCC 的转录组数据和临床信息来自癌症基因组图谱(TCGA;HCC:374,正常:50)和国际癌症基因组联盟(ICGC)数据库(HCC:243,正常:202)。结合Immport数据库中的2483个免疫相关基因,使用最小绝对收缩和选择算子(LASSO)构建预后模型。根据 TCGA 队列风险评分的中位数将患者分为高风险组和低风险组。采用 Kaplan-Meier 生存分析和接受者操作特征 (ROC) 曲线估计模型在 HCC 预后中的可预测性,并基于 ICGC 队列进行外部验证。我们分析了该模型与免疫细胞和免疫检查点基因的相关性。最后,将这些基因与相应的ACP成分进行分子对接。

 

结果:构建了一个由 3 个免疫相关基因[表皮生长因子 (EGF)、杆状病毒凋亡抑制剂重复蛋白 5 (BIRC5) 和分泌磷蛋白 1 (SPP1)] 组成的预后模型。与低风险组相比,高风险组的总生存率(OS)较低(TCGA 队列:P=1.761e-05,ICGC 队列:P=8.716e-04)。用于预测 1 年、2 年和 3 年 OS 的预后风险模型的 ROC 的结果:TCGA 队列:0.749、0.710 和 0.653 和 ICGC 队列:0.698、0.736 和 0.753。分子对接结果表明,槲皮素与SPP1、BIRC5和EGF具有良好的结合活性,熊果酸(UA)和BIRC5也具有此特性。

 

结论:研究推测ACP根抗HCC可能通过靶向EGF、BIRC5和SPP1参与机体的免疫调节,作为HCC的早期预警分子具有很大的潜力和价值。该模型可为HCC患者的个体化诊疗提供参考。

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