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3.061分TCGA生信分析:基于肺鳞状细胞癌基因和 lncRNA 的 DNA 甲基化水平的预后风险模型

生信基础 管理员 66℃ 0评论

题目:A prognostic risk model based on DNA methylation levels of genes and lncRNAs in lung squamous cell carcinoma

杂志:PeerJ

日期:2022年3月24日

Doi:10.7717/peerj.13057

3.061分TCGA生信分析:基于肺鳞状细胞癌基因和 lncRNA 的 DNA 甲基化水平的预后风险模型插图

 

背景:复发是肺鳞癌(LUSC)预后的危险因素,RNA的DNA甲基化水平也与LUSC预后、lncRNA和基因有关。

 

方法:确定癌症基因组图谱(TCGA;训练数据集)中复发和非复发 LUSC 组织之间的差异表达 RNA(DER)和差异甲基化 RNA(DMR)。用于筛选预后相关的RNA,构建预后模型并在GSE39279数据集中验证其性能。

 

结果:共鉴定出复发性LUSC组织中664个DERs和981个DMRs(包括972个基因),3个共甲基化模块,包括226个差异甲基化基因,与LUSC显着相关。在预后相关RNA中,18个DERs/DMRs具有相反甲基化表达水平的患者被纳入甲基化预后风险模型。与低风险评分的患者相比,高风险评分的 LUSC 患者预后较差,GSE39279该模型在预测预后方面具有很高的准确性(AUC 分别为 0.903 和 0.800),相当于包含临床变量的列线图模型。

 

结论:参考 16-RNA 的甲基化水平可能有助于预测 LUSC 的生存结果。

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