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4.772分TCGA生信分析:FAM的HNSCC预后模型的鉴定

生信基础 管理员 83℃ 0评论

题目:A Four-Cell-Senescence-Regulator-Gene Prognostic Index Verified by Genome-Wide CRISPR Can Depict the Tumor Microenvironment and Guide Clinical Treatment of Bladder Cancer

杂志:Front Genet

日期:2022年6月30日

Doi:10.3389/fgene.2022.888764

4.772分TCGA生信分析:FAM的HNSCC预后模型的鉴定插图

 

背景:已知脂肪酸代谢 (FAM) 通过增强脂质合成、储存和分解代谢来影响肿瘤发生、肿瘤进展和治疗抗性。然而,FAM 在头颈部鳞状细胞癌 (HNSCC) 中的作用仍然难以捉摸。

 

方法:从癌症基因组图谱(TCGA)生信分析数据库中获得了 502 个HNSCC样本和44个正常样本之间总共69个差异表达的 FAM 相关基因。通过聚类分析,根据69个差异表达基因 (DEG) 将HNSCC样本分为2个聚类。然后在两个聚类中发现了DEG,并通过单变量分析确定了137个预后DEG。随后,结合TCGA数据库中546例HNSCC患者的临床资料,建立了12个基因的预后风险模型(FEPHX3、SPINK7、FCRLA、MASP1、ZNF541、CD5、BEST2 和 ZAP70 下调,ADPRHL1、DYNC1I1、KCNG1和 LINC00460 上调)使用多变量Cox回归和LASSO回归分析。计算了546个 HNSCC 样本的风险评分。根据中位风险评分,将546名HNSCC患者分为高风险和低风险(高分和低分)组。 Kaplan-Meier生存分析显示,高危组HNSCC患者的生存时间明显短于低危组。在GEO数据集中也得到了同样的结论。之后,多变量Cox回归分析表明,风险评分是 TCGA 队列中 HNSCC 患者的独立因素。此外,单样本基因集富集分析(ssGSEA)表明,与低风险组相比,高风险组的浸润免疫细胞水平相对较低。

 

结论:基于FAM相关基因表达的风险特征可以独立预测HNSCC的预后。

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