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3.26分TCGA生信分析:构建新的免疫相关 mRNA 特征以预测人类结直肠癌的预后和免疫特征

生信基础 管理员 287℃ 0评论

题目:Construction of a Novel Immune-Related mRNA Signature to Predict the Prognosis and Immune Characteristics of Human Colorectal Cancer

杂志:Front Genet

日期:2022年3月23日

Doi:10.3389/fgene.2022.851373

3.26分TCGA生信分析:构建新的免疫相关 mRNA 特征以预测人类结直肠癌的预后和免疫特征插图

 

背景:抗癌免疫治疗方法已在多种癌症类型中获得显着疗效。然而,由于肿瘤异质性,并非所有结直肠癌 (CRC) 患者都能从免疫治疗中受益。研究的目的是构建用于预测 CRC 的免疫特征和预后的免疫相关特征。

 

方法:从癌症基因组图谱(TCGA)和基因表达综合(GEO)获得CRC患者的RNA测序数据和相应的临床信息,从免疫学数据库和分析门户下载免疫相关基因(IRGs)。然后,利用单变量、lasso回归和多变量 cox 回归来识别预后 IRG 并开发免疫相关特征。随后,基于特征和其他预后因素建立列线图,并通过受试者工作特征(ROC)和决策曲线分析(DCA)评估其预测能力。最后,评估了CRC的特征和免疫特征之间的关联。

 

结果:总共从 TCGA 下载的 472 个样本分为训练队列(236 个样本)和内部验证队列(236 个样本),GEO 队列作为外部验证队列(122 个样本)下载。共鉴定出 476 个不同表达的 IRG,其中 17 个与 CRC 患者的预后显着相关。最后,筛选出 10 个 IRG 构建风险评分特征,并根据训练队列中风险评分的中位数将患者分为低风险组和高风险组。高风险评分与 CRC 患者的不利生存结果和侵袭性临床病理学特征显着相关,并且该结果在内部验证队列、整个 TCGA 队列和外部验证队列中得到进一步证实。免疫浸润分析显示,与高风险组相比,低风险组患者的肿瘤浸润免疫细胞 (TIIC) 丰度较高。此外,我们还发现免疫检查点生物标志物在低风险组中显着过表达。

 

结论:IRGs 建立的预后特征在预测人类 CRC 的预后和免疫特征方面显示出有前景的临床价值,有助于个体化治疗决策。

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