生信学习,咨询,代做,请关注公众号:生信风暴。或添加客服微信:ShengxinBoss1

4.772分TCGA生信分析:RPP30是一种新型的胃癌诊断和预后生物标志物

生信基础 管理员 103℃ 0评论

题目:RPP30 is a novel diagnostic and prognostic biomarker for gastric cancer

杂志:Front Genet

日期:2022年7月19日

Doi:10.3389/fgene.2022.888051

4.772分TCGA生信分析:RPP30是一种新型的胃癌诊断和预后生物标志物插图

 

目的:本研究旨在鉴定胃癌(GC)肿瘤发生中的枢纽基因。构建并分析了生物标志物预测模型,并在验证队列中验证了组织病理学样本中的蛋白质表达。

 

方法:从癌症基因组图谱 (TCGA) 数据库中的 GC 项目中鉴定出差异表达基因 (DEG)。在高和低核糖核酸酶 P 蛋白亚基 p30 (RPP30) 表达组之间进行 DEG 的功能富集分析。进行 ROC 分析以评估 RPP30 表达以区分 GC 和正常组织。使用 GSEA 和 ssGSEA 分析 DEG 的功能富集途径和免疫浸润。进行生存分析和列线图构建以预测患者生存。对 GC 组织进行免疫组织化学染色以验证 RPP30 在 GC 和癌旁样本中的表达。

 

结果:从TCGA数据库收集了380例(375个GC样本和32个癌旁组织)的基因表达数据和临床信息。发现 RPP30 表达的 AUC 为 0.785。 G α S 信号通路是最显着富集的信号通路。主要治疗结果 (p < 0.001, HR = 0.243, 95% CI = 0.156-0.379)、年龄 (p = 0.012, HR = 1.748, 95% CI = 1.133-2.698) 和 RPP30 表达 (p < 0.001, HR = 2.069, 95% CI = 1.346-3.181)被确定为独立的预后因素。作为一种定量方法,基于 RPP30 表达、年龄和主要治疗结果构建的列线图在预测患者生存率方面表现良好。来自验证队列的 25 个组织样本中有 19 个在 GC 组织中显示阳性 RPP30 表达,而 16 例在正常组织中显示阴性 RPP30 染色。两者之间的差异具有统计学意义。

 

结论:高 RPP30 表达与 GC 的疾病进展和较差的存活率显着相关,通过 tRNA 失调促进肿瘤发生和血管生成。这项研究为 tRNA 在 GC 中的分子发病机制提供了新的和有希望的见解。

转载请注明:智汇基因 » 4.772分TCGA生信分析:RPP30是一种新型的胃癌诊断和预后生物标志物

喜欢 (0)
发表我的评论
取消评论
表情

Hi,您需要填写昵称和邮箱!

  • 昵称 (必填)
  • 邮箱 (必填)
  • 网址