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2.876分TCGA生信分析:将 KRT20 鉴定为头颈部鳞状细胞癌淋巴转移的潜在关键基因

生信基础 管理员 117℃ 0评论

题目:Identifying KRT20 as a Potential Key Gene in Lymphatic Metastasis of Head and Neck Squamous Cell Carcinoma

杂志:Technol Cancer Res Treat

日期:2022年1月

Doi:10.1177/15330338221107710

2.876分TCGA生信分析:将 KRT20 鉴定为头颈部鳞状细胞癌淋巴转移的潜在关键基因插图

 

背景:头颈部鳞状细胞癌(HNSCC)是 2018 年全球第七大常见癌症。淋巴转移(LM)与 HNSCC 预后和复发密切相关。然而,LM 的潜在机制仍不清楚。因此,本研究旨在鉴定 HNSCC LM 中的关键基因。

 

方法:使用癌症基因组图谱 (TCGA) 来识别 LM 和非 LM 病例之间的差异表达基因 (DEG)。随机森林模型、相互作用基因检索工具、Cytoscape 和 cytoHubba 用于识别 DEG 中的中心基因,包括 KRT20 (Cytokeratins 20)。分析了 TCGA 中 KRT20 的存活率,在 HNSCC 细胞系中过表达 KRT20 以研究其对迁移和侵袭的影响。还将 HNSCC 组织微阵列中 KRT20 的表达与生存和临床病理学特征相关联。

 

结果:鉴定了 243 个 DEGs-143 个上调基因和 100 个下调基因。进一步分析显示,KRT20 是与 HNSCC 患者 LM 和总生存率相关的潜在关键基因。 KRT20 的过表达增加了 HNSCC 细胞系 Tu686 和 FD-LSC-1 的迁移和侵袭能力。组织微阵列研究表明 KRT20 在 N1+ 患者(包括 N1-N3 患者)中过表达。 HNSCC 组织微阵列的生存分析结果和临床病理学特征与对 TCGA 的分析一致。因此,高 KRT20 表达水平可能表明 HNSCC 预后不良。的基因集富集分析表明,KRT20 参与了许多代谢途径,包括与肿瘤发生和癌症发展相关的那些。

 

结论:提出 KRT20 可能是 HNSCC 合并 LM 的关键基因。

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