生信学习,咨询,代做,请关注公众号:生信风暴。或添加客服微信:ShengxinBoss1

4.772分TCGA生信分析:血清和组织中的微小 RNA miR-142-5p、miR-150-5p、miR-320a-3p 和 miR-4433b-5p:散发性乳腺癌的潜在生物标志物

生信基础 管理员 79℃ 0评论

题目:MicroRNAs miR-142-5p, miR-150-5p, miR-320a-3p, and miR-4433b-5p in Serum and Tissue: Potential Biomarkers in Sporadic Breast Cancer

杂志:Front Genet

日期:2022年6月30日

Doi:10.3389/fgene.2022.865472

4.772分TCGA生信分析:血清和组织中的微小 RNA miR-142-5p、miR-150-5p、miR-320a-3p 和 miR-4433b-5p:散发性乳腺癌的潜在生物标志物插图

 

背景:乳腺癌 (BC) 是一种异质性疾病,建立生物标志物对患者管理至关重要。研究之前描述了血清中的细胞外囊泡衍生 miRNA (EV-miRNA) miR-142-5p、miR-150-5p、miR-320a 和 miR-4433b-5p 可单独或组合在对照样品中区分 BC控制板。使用这些先前描述的标记,打算评估在 EV 中鉴定的相同标记是否也是组织和血清中的潜在生物标记。

 

方法:使用 67 名乳腺癌患者 (BC-S)、19 名血清对照 (CT)、83 份新鲜肿瘤组织 (BC-T) 和 29 份相邻非肿瘤组织样本 (NT) 的血清进行使用 RT-qPCR 的表达生信分析。此外,还对癌症基因组图谱 (TCGA) 数据(832 BC-T 和 136 NT)进行了分析。

 

结果:在所有比较中,发现 BC-S 中 miR-320a 和 miR-4433b-5p 的高表达水平与 EV 和无细胞 miRNA (cf-miRNA) 中的 CT 一致。尽管未发现 miR-150-5p 和 miR-142-5p 在血清中差异表达,但包含这些 miRNA 的组提高了敏感性和特异性,支持了我们之前在 EV 中的发现。在大多数比较中,与血清和 EV 相比,来自 TCGA 数据库的新鲜组织和数据具有相反的行为:BC-T 中所有 miRNA 的水平低于 NT 样本中的水平。 TCGA 分析显示 BC-T 中 miR-150-5p 和 miR-320a-3p 的表达水平低于 NT 样品中的表达水平,并且 BC-T 中 miR-142-5p 的过表达,这与从组织中的 RT-qPCR 结果不同巴西队列。新鲜组织分析表明,在巴西队列中,所有 miRNA 都可以单独区分 BC-T 和 NT,具有高灵敏度和敏感性。此外,组合面板显示出更高的 AUC 值以及更高的灵敏度和特异性。此外,血清中较低水平的 miR-320a-3p 与 BC 巴西患者的总生存期差有关。

 

结论:总之,研究观察到 miR-320a 和 miR-4433b-5p 以高特异性和敏感性将 BC 与对照区分开来,无论样本来源如何。此外,根据 TCGA,较低水平的 miR-150-5p 和较高水平的 miR-142-5p 是组织中具有统计学意义的生物标志物。当在面板中组合时,所有组合都可以将 BC 患者与对照组区分开来。这些结果突出了这些 miRNA 作为 BC 生物标志物的潜在应用。

转载请注明:智汇基因 » 4.772分TCGA生信分析:血清和组织中的微小 RNA miR-142-5p、miR-150-5p、miR-320a-3p 和 miR-4433b-5p:散发性乳腺癌的潜在生物标志物

喜欢 (1)
发表我的评论
取消评论
表情

Hi,您需要填写昵称和邮箱!

  • 昵称 (必填)
  • 邮箱 (必填)
  • 网址