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3.253分TCGA生信分析:铁死亡相关长链非编码 RNA 在膀胱癌中的预测作用及其与免疫微环境和免疫治疗反应的关系

生信基础 管理员 142℃ 0评论

题目:Predictive role of ferroptosis-related long non-coding RNAs in bladder cancer and their association with immune microenvironment and immunotherapy response

杂志:World J Surg Oncol

日期:2022年2月24日

Doi:10.1186/s12957-022-02514-4

3.253分TCGA生信分析:铁死亡相关长链非编码 RNA 在膀胱癌中的预测作用及其与免疫微环境和免疫治疗反应的关系插图

 

背景:之前有研究报道过铁死亡在膀胱癌发展中具有重要作用。在这项研究中,旨在进一步探讨铁死亡相关长链非编码 RNA (lncRNA) 在膀胱癌中的可能预测能力及其与免疫微环境和免疫治疗反应的关系。

 

材料与方法:通过Pearson相关分析鉴定了与铁死亡相关的lncRNA。预测性 lncRNA 特征是通过单因素和多因素回归分析开发的。此基因特征中仅包括多因素分析中自因素的主要影响。 TCGA 数据集被定义为训练队列,GEO 是本研究中的验证队列。根据风险特征将所有样本分为高风险或低风险组。通过 TCGA 和 GEO 队列中的生存分析和ROC分析探索了lncRNA特征的预后作用。此外,通过多因素独立生信分析证实了lncRNA特征的独立预后能力。此外,还研究了 lncRNA 与免疫微环境之间的关系以及膀胱癌中的免疫治疗反应。

 

结果:Kaplan-Meier 曲线确定了 TCGA (p < 0.001) 和 GEO (p < 0.001) 队列中高风险组的总体生存结果明显较差。在 TCGA 队列中,ROC 分析 1、3 和 5 年期间的曲线下面积 (AUC) 分别为 0.781 ± 0.046、0.784 ± 0.027 和 0.817 ± 0.025,分别为 0.665 ± 0.177、0.719 ± 0.068 和 0.791在 GEO 队列中分别为 ± 0.055。 TCGA 队列中的多因素独立生信分析将年龄 、阶段和特征风险评分确定为总体生存的独立风险因素。此外,这项研究表明,高风险组和低风险组之间各种免疫细胞的浸润水平存在显着差异。与各种免疫检查点相对应的高危组蛋白PD1(p < 0.01)、PD-L1(p < 0.01)、CTLA-4(p < 0.05)等蛋白的表达往往较低。此外,免疫疗法试验证实,高风险组的治疗反应往往比低风险组差(p < 0.001)。

 

结论:铁死亡相关的 lncRNA 对膀胱癌的总生存期表现出良好的预测能力。此外,它们还可用于揭示肿瘤免疫微环境和免疫治疗反应。

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