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7.31分TCGA生信分析:CXCL家族在Epstein-Barr病毒相关性胃癌中的预后价值特征

生信基础 管理员 124℃ 0评论

题目:Characterization of the Prognostic Values of CXCL Family in Epstein-Barr Virus Associated Gastric Cancer

杂志:Oxid Med Cell Longev

日期:2022年6月1日

Doi:10.1155/2022/2218140

7.31分TCGA生信分析:CXCL家族在Epstein-Barr病毒相关性胃癌中的预后价值特征插图

 

背景:CXCL家族是一类通过G蛋白偶联受体发出信号的分泌性生长因子,异常表达与许多肿瘤的生长和进展有关。然而,其预后价值在EB病毒相关性胃癌(EBVaGC)中的研究较少。因此,探讨CXCL家族在EBVaGC中的预后价值具有重要意义。

 

方法:从TCGA的STAD数据中分析CXCL家族mRNA的表达。Kaplan-Meier生信分析用于评估CXCL家族的预后价值。转录因子(TFs)和与CXCL家族相关的miRNA通过TFCheckpoint、miRWalk和ViRBase数据库进行鉴定。使用EBVaGC患者队列GSE51575评估预后模型。

 

结果:与TCGA-STAD的正常组织相比,EBVaGC中CXCL1/3/5/6/8/9/10/11/16的mRNA表达显著上调,而CXCL12/14的表达下调。EBVaGCs中CXCL9、CXCL10、CXCL11和CXCL17的mRNA表达高于EBVnGCs,但CXCL6、CXCL12和CXCL17的mRNA表达低于EBVnGCs。无论肿瘤分期如何,EBVaGCs中CXCL9、CXCL10和CXCL11的mRNA表达水平均高于EBVnGCs。CXCL8的高mRNA表达与EBVaGC患者更好的OS相关,而CXCL9的高表达与EBVnGC患者更好的OS相关。获得了10个与CXCL相关的候选潜在转录因子:OTOP3、NKX6-2、NKX2-2、FEV、SMYD1、TRIMSO、TBX10、CDX1、SLC26A3和ARC。获得了576个miRNA mRNA相互作用。其中,预测有65个miRNA与CXCL6、CXCL9、CXCL10和CXCL11相关。与TCGA-STAD的结果类似,GSE51575数据集还表明,与相应的正常胃粘膜组织相比,EBVaGC组织中CXCL1/3/9/10/11/16的mRNA表达水平显著增强,而CXCL12/14的mRNA表达水平显著降低。与EBVnGC组织相比,EBVaGC组织中CXCL3/9/10/11/13/17的mRNA表达水平升高。

 

结论:CXCL家族成员的表达差异与EBVaGC的进展密切相关。CXCL9/10/11/17 mRNA的表达可能是EBVaGC患者有希望的预后指标。

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