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5.246分TCGA生信分析:miRNA-mRNA调控网络的构建及其在肺鳞癌发生发展中的作用

生信基础 管理员 133℃ 0评论

题目:Construction of the miRNA-mRNA Regulatory Networks and Explore Their Role in the Development of Lung Squamous Cell Carcinoma

杂志:Front Mol Biosci

日期:2022年5月31日

Doi:10.3389/fmolb.2022.888020

5.246分TCGA生信分析:miRNA-mRNA调控网络的构建及其在肺鳞癌发生发展中的作用插图

 

目的:MicroRNA(miRNA)与靶mRNA结合并抑制转录后基因表达。它在调节基因表达、细胞周期和生物发育中起着至关重要的作用,研究旨在确定参与肺鳞癌发病机制的潜在miRNA mRNA调控网络。

 

患者和方法:从基因表达综合数据库(GEO)、肿瘤基因组图谱(TCGA)、miRcancer和dbDEMC获得MiRNA微阵列和RNA序列数据集。使用GEO2R工具“limma”和“DEseq”R包进行差异表达生信分析。使用DAVID、DIANA和Hiplot工具进行基因富集分析。从实验验证的miRNA靶相互作用数据库(miRTarBase和TarBase)中筛选miRNA mRNA调控网络。通过实时定量逆转录PCR(qRT-PCR)在30对LUSC组织中进行外部验证。进行ROC和决策曲线分析(DCA)以评估诊断价值。进一步探讨了miRNA mRNA调控网络的临床、生存和表型分析。

 

结果:从GEO中筛选出5个miRNA和10个mRNA表达数据集,鉴定出7个DE-miRNA和270个DE-mRNA。经过数据库筛选和相关性分析,筛选出四对miRNA mRNA调控网络。在30对LUSC组织中验证了miR-205-5p(up)和PTPRM(down)的miRNA mRNA网络。MiR-205-5p和PTPRM具有良好的诊断效果,在不同的临床特征中表达不同,并与肿瘤免疫有关。

 

结论:确定了一个潜在的miRNA mRNA调控网络,为探索LUSC的发生和发展提供了新的途径。

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