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7.561分TCGA生信分析:与免疫微环境相关的新型m1A评分模型预测肝细胞癌的预后

生信基础 管理员 115℃ 0评论

题目:A Novel m1A-Score Model Correlated With the Immune Microenvironment Predicts Prognosis in Hepatocellular Carcinoma

杂志:Cancer Med

日期:2022年3月24日

Doi:10.3389/fimmu.2022.805967

7.561分TCGA生信分析:与免疫微环境相关的新型m1A评分模型预测肝细胞癌的预后插图

 

背景:RNA甲基化在基因表达中起着至关重要的作用,并已被证明参与肿瘤的发生,但目前尚不清楚m1A修饰是否在肝细胞癌(HCC)的预后中具有潜在作用。

 

方法:在本研究中,使用TCGA生信分析数据库和基因表达综合数据库(GEO)全面分析了RNA测序(RNA seq)数据和临床信息。研究收集了10个m1A调节因子,并进行共识聚类以确定肝癌中的m1A修饰模式。CIBERSORT方法用于评估免疫细胞浸润水平。主成分分析用于构建m1A评分模型。在TCGA-LIHC队列中,所有10个m1A调节因子在肿瘤组织中的表达均高于正常对照组织,10个基因中有8个与肝癌患者的预后密切相关。10种调节因子确定了两种不同的m1A甲基化修饰模式(簇C1和C2),并与不同的总生存率、TNM分期和肿瘤微环境(TME)特征相关。基于C1和C2之间的差异表达基因(DEG),确定了三个基因簇(簇A、B和C)。预后较好的C1主要分布在C组,而a组C1样本最少。使用五种与预后相关的m1A调节因子构建m1A评分模型。在TCGA-LIHC和GSE14520数据集中,m1A评分较高的患者预后较差。

 

结论:m1A修饰在TME和HCC进展中的重要作用,个体患者m1A修饰模式的定量评估有助于开发更有效的生物标志物,用于预测肝癌患者的预后。

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