生信学习,咨询,代做,请关注公众号:生信风暴。或添加客服微信:ShengxinBoss1

4.452分TCGA生信分析:代谢途径活性亚型衍生肝细胞癌预后特征的综合分析

生信基础 管理员 79℃ 0评论

题目:Comprehensive analysis of metabolic pathway activity subtypes derived prognostic signature in hepatocellular carcinoma

杂志:Cancer Med

日期:2022年6月1日

Doi:10.1002/cam4.4858

4.452分TCGA生信分析:代谢途径活性亚型衍生肝细胞癌预后特征的综合分析插图

 

目的:代谢重编程是癌症的标志之一,但肝细胞癌(HCC)的代谢途径活性相关亚型尚未确定。

 

方法:基于基因集变异分析对41种代谢途径活动的量化结果,采用非负矩阵分解法将训练队列(n=609,由TCGA和GSE14520合并)分为三个亚型(C1、C2和C3)。共鉴定出1371个C1、C2和C3之间的差异表达基因,并通过单变量Cox回归生信分析、Lasso生信分析以及多变量Cox回归生信分析建立8基因风险评分。

 

结果:C1代谢活性最强,预后良好,CTNNB1突变率最高,嗜酸性粒细胞和自然杀伤细胞大量浸润。C2代谢活性最弱,预后不良,较年轻,易于血管浸润和晚期,TP53突变率最高,免疫检查点表达水平较高,伴有大量调节性T细胞浸润。C3具有中度代谢活性和预后,LRP1B突变率最高,中性粒细胞和巨噬细胞浸润水平较高。内部队列(TCGA,n=370;GSE14520,n=239)、外部队列(ICGC,n=231;GSE116174,n=64)和临床亚组验证表明,风险评分适用于具有不同临床特征的患者,并可有效预测肝癌患者的预后和恶性进展。与低风险组相比,高风险组预后差,肿瘤干细胞特征增强,DNA损伤修复激活,代谢活性、细胞溶解活性和干扰素反应减弱。

 

结论:从代谢相关通路活性的角度确定了HCC亚型,并提出了一个可靠的HCC预后标志。

转载请注明:智汇基因 » 4.452分TCGA生信分析:代谢途径活性亚型衍生肝细胞癌预后特征的综合分析

喜欢 (1)
发表我的评论
取消评论
表情

Hi,您需要填写昵称和邮箱!

  • 昵称 (必填)
  • 邮箱 (必填)
  • 网址