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6.244分TCGA生信分析:透明细胞肾癌肿瘤微环境的全面基因组特征及相关特征

生信基础 管理员 356℃ 0评论

题目:Comprehensive Genomic Characterization of Tumor Microenvironment and Relevant Signature in Clear Cell Renal Cell Carcinoma

杂志:Front Oncol

日期:2022年5月16日

Doi:10.3389/fonc.2022.749119

6.244分TCGA生信分析:透明细胞肾癌肿瘤微环境的全面基因组特征及相关特征插图

 

目的:为了系统研究透明细胞肾细胞癌(ccRCC)中肿瘤微环境(TME)的特征,进行了一项综合分析,包括基因组改变、细胞相互作用、浸润性免疫细胞和风险特征。

 

患者和方法:从TCGA生信分析数据库和国际癌症基因组联盟(ICGC)数据库获得多组学数据,包括RNA序列、单核苷酸变异(SNV)数据、拷贝数变异(CNV)数据、miRNA和相应的预后数据。利用CIBERSORT算法识别预测TME亚群,并进一步量化TMEscore。此外,还探讨了TCGA-KIRC的突变景观。最后,应用TIDE资源评估TMEscore在预测免疫治疗效益中的意义。

 

结果:分析了621例ccRCC患者的TME浸润模式,并确定了5个与临床结果相关的特定TME亚群。然后,发现TMEcluster5与良好的预后和丰富的记忆B细胞浸润显著相关。因此,研究描述了所有患者中TMEclusters、TMEscore水平、肿瘤突变负荷(TMB)、肿瘤分级、纯度和倍体的聚类情况。最后,TIDE用于评估免疫检查点阻断剂(ICB)的效率,发现TMEscore比TMB具有更好的预测意义,使其成为临床使用的重要独立预后生物标记物和药物指标。

 

结论:研究描述了所有ccRCC患者中TMEclusters、TMEscore水平、TMB、肿瘤分级、纯度和倍体的聚类情况。根据制定合理的个体化治疗干预措施的目标,TMEscore被证明对预测预后和ICB反应具有良好的意义。

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