生信学习,咨询,代做,请关注公众号:生信风暴。或添加客服微信:ShengxinBoss1

2.466分TCGA生信分析:炎症相关基因标记预测头颈部鳞状细胞癌预后

生信基础 管理员 94℃ 0评论

题目:Inflammation-Related Gene Signature for Predicting the Prognosis of Head and Neck Squamous Cell Carcinoma

杂志:Int J Gen Med

日期:2022年3月9日

Doi:10.2147/IJGM.S354349

2.466分TCGA生信分析:炎症相关基因标记预测头颈部鳞状细胞癌预后插图

 

目的:炎症反应与头颈鳞状细胞癌(HNSCC)的预后相关。研究旨在基于炎症相关基因(IRG)进行一种新的预后特征,以更好地了解HNSCC的预后。

 

患者和方法:IRG来自TCGA生信分析数据库和基因表达综合数据库(GEO)。进行功能富集生信分析以探索潜在的途径。利用单变量和多变量Cox回归生信分析以及LASSO在TCGA数据库上构建基于IRGs的预后模型,并利用GEO数据库进行结果验证。在单变量和多变量Cox回归后,基于独立预后因素构建诺模图模型。通过肿瘤免疫评估资源(TIMER)数据库分析免疫细胞浸润水平。

 

结果:证实60%的IRG在HNSCC样本中异常表达,并且这些与重要的肿瘤生物学相关。然后,基于TCGA数据库生成包含7个hub基因的预后特征。结果在来自GSE41613的97名患者中得到验证。生成包含风险评分、年龄、M期和N期的诺模图,以提高预后评估的准确性。免疫细胞浸润分析表明,5个hub基因(ADGRE1、OLR1、TIMP1、GPR132和CCR7)与肿瘤纯度呈负相关,与免疫细胞浸润呈正相关。

 

结论:建立了一个由7个hub基因组成的新特征,用于预测HNSCC患者的预后。

转载请注明:智汇基因 » 2.466分TCGA生信分析:炎症相关基因标记预测头颈部鳞状细胞癌预后

喜欢 (1)
发表我的评论
取消评论
表情

Hi,您需要填写昵称和邮箱!

  • 昵称 (必填)
  • 邮箱 (必填)
  • 网址