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1.339分TCGA生信分析:免疫相关基因特征预测肝细胞癌的预后和免疫治疗反应

生信基础 管理员 102℃ 0评论

题目:An Immune-Related Gene Signature Predicts Prognosis and Immunotherapy Response in Hepatocellular Carcinoma

杂志:Comb Chem High Throughput Screen

日期:2022年3月4日

Doi:10.2174/1386207325666220304115006

1.339分TCGA生信分析:免疫相关基因特征预测肝细胞癌的预后和免疫治疗反应插图

 

背景:肝细胞癌(HCC)是一种炎症相关性癌症,发病率高,预后差。近十年来,免疫治疗已成为肝癌治疗的重要策略。

 

目的:研究旨在建立一种免疫相关基因标记,用于预测肝癌的预后和免疫治疗反应。

 

方法:基于TCGA生信分析数据库和免疫学数据库与分析门户(ImmPort)数据库,鉴定了免疫相关差异表达基因(IRDEG)。利用加权基因共表达网络分析(WGCNA)和Cox比例风险模型确定核心免疫相关基因(IRG)。TIDE工具和R软件包用于评估免疫相关基因特征与免疫治疗和化疗临床反应之间的相关性。

 

结果:通过使用WGCNA结合Cox比例风险模型,PRC1、TOP2A、TPX2和ANLN被确定为核心IRG。在TCGA数据库和基因表达综合数据库(GEO)数据库中都证明了新开发的基因特征(IRGPI)的预后价值。TIDE工具显示,高IRGPI组和低IRGPI组呈现出显著不同的肿瘤免疫微环境和免疫治疗反应。此外,与低IRGPI组相比,高IRGPI组对顺铂的耐药率也显著降低。

 

结论:IRGPI是预测肝癌预后以及对免疫治疗和化疗反应性的工具。

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