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4.375分TCGA生信分析:HOXC6表达谱预测胶质母细胞瘤患者的生存率并与细胞周期相关

生信基础 管理员 144℃ 0评论

题目:Expression Profiles of HOXC6 Predict the Survival of Glioblastoma Patients and Correlate with Cell Cycle

杂志:J Oncol

日期:2022年4月6日

Doi:10.1155/2022/8656865

4.375分TCGA生信分析:HOXC6表达谱预测胶质母细胞瘤患者的生存率并与细胞周期相关插图

 

目的:研究的目的是研究同源异型盒(HOX)基因在多形性胶质母细胞瘤(GBM)中的表达状况及其预后价值,并揭示与其表达相关的生物学过程。

 

方法:通过在TCGA生信分析数据库(微阵列数据集)和验证数据集中对GBM患者样本中HOX基因表达谱进行全基因组生信分析,系统研究了HOX基因在GBM中的预后价值。

 

结果:使用差异表达基因(DEG)分析和Cox回归模型,发现HOXC6可以将患者分为训练队列中显著不同的生存率组(p=0.0012,对数秩检验)。TCGA RNA序列和GSE16011数据集用于验证。多变量Cox和分层生信分析表明,HOXC6在校正其他临床协变量后是一个独立的预后因素。生信分析表明,HOXC6可能参与在胶质母细胞瘤肿瘤发生背景下建立的与细胞周期相关的生物过程和途径。研究进一步探讨了基因集富集分析(GSEA)的生物信息学意义。肿瘤细胞生物学实验证实了HOXC6在增殖和细胞周期进程中的作用。

 

结论:HOXC6可能是胶质母细胞瘤个体化治疗优化的候选生物标记基因,HOXC6的表达具有重要的预后价值,并与胶质母细胞瘤的细胞周期过程有关。

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