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1.339分TCGA生信分析:肺腺癌竞争性内源性RNA网络和肿瘤浸润免疫细胞的综合分析和验证

生信基础 管理员 127℃ 0评论

题目:Comprehensive analysis and validation of competing endogenous RNA network and tumor-infiltrating immune cells in lung adenocarcinoma

杂志:Comb Chem High Throughput Screen

日期:2022年2月

Doi:10.2174/1386207325666220324092231

1.339分TCGA生信分析:肺腺癌竞争性内源性RNA网络和肿瘤浸润免疫细胞的综合分析和验证插图

 

目的:LUAD的潜在发病机制尚不清楚。在研究中评估了LUAD中竞争性内源性RNA(ceRNA)调节网络和肿瘤浸润免疫细胞。

 

方法:从TCGA生信分析数据库获取LUAD患者的RNA图谱和相应的临床信息,并在LUAD样本和正常对照组之间鉴定差异表达的mRNA(DEmRNAs)、lncRNAs(DElncRNAs)和miRNAs(DEmiRNAs),以构建ceRNA网络。此外,使用CIBERSORT算法分析免疫细胞浸润的模式。然后,基于ceRNA网络和肿瘤浸润免疫细胞构建了两个生存预测模型,并通过独立的GEO数据集GSE50081进行了验证。此外,还评估了预后相关ceRNAs与免疫细胞之间的相关性。

 

结果:本研究共纳入484例LUAD样本和59例正常对照,整合了15个半RNA、94个半mRNA和7个半RNA,构建了LUAD的ceRNA网络。同时,还发现差异表达的肿瘤浸润免疫细胞,单核细胞和调节性T细胞的表达与LUAD患者的总体生存率(OS)相关。此外,基于ceRNA网络或肿瘤浸润免疫细胞的预后预测模型在预测LUAD患者的生存率方面显示出显著的能力。共表达生信分析表明,一些与预后相关的ceRNAs,如CCT6A、E2F7、SLC16A1和SNHG3,与几种肿瘤浸润性免疫细胞(如单核细胞和M1巨噬细胞)呈正相关或负相关。

 

结论:研究提高了对LUAD发病机制的理解,有助于探索LUAD的潜在治疗靶点和预后生物标志物。

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