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3.932分TCGA生信分析:一种新的乳腺癌铁死亡相关基因模型的预后意义

生信基础 管理员 151℃ 0评论

题目:The prognostic significance of a novel ferroptosis-related gene model in breast cancer

杂志:Ann Transl Med

日期:2022年2月

Doi:10.21037/atm-22-479

3.932分TCGA生信分析:一种新的乳腺癌铁死亡相关基因模型的预后意义插图

 

背景:乳腺癌(BRCA)是女性中最常见的恶性肿瘤,具有高度异质性,对其预后的预测仍然很差。铁死亡是最近发现的一种铁依赖性程序性细胞死亡,在BRCA治疗中起着重要作用。一些BRCA细胞系被证明对铁死亡敏感,并且一些与铁死亡相关的基因已被确定为BRCA进展中的潜水员或抑制剂,研究旨在探讨细胞死亡相关基因在BRCA中的预后价值。

 

方法:从公共数据库中收集与铁死亡相关的基因列表、BRCA患者的信使RNA(mRNA)基因表达以及相应的临床病理数据。TCGA的患者被确定为训练队列,基因表达综合征(GEO)的患者被视为验证队列。单变量Cox回归生信分析用于确定预后性细胞死亡相关基因,随后的多变量生信分析进一步筛选出重要基因以建立预后模型。ROC曲线用于在内部和外部队列中验证模型。进行功能分析以评估BRCA中肿瘤免疫和铁死亡相关基因之间的潜在相关性。

 

结果:基于TCGA队列建立了一个与铁死亡相关的基因特征,将患者分为2个风险评分组,并在GEO队列中进行了验证。与风险分数较高的患者相比,风险分数较低的患者总体生存率(OS)较高(TCGA队列P<0.001;GEO队列P<0.05)。风险评分与BRCA患者的OS独立相关(TCGA队列P<0.001;GEO队列P<0.05)。训练和验证队列中模型的曲线下面积(AUC)均在0.7左右。两个危险组之间的免疫相关生物途径和免疫状态存在显著差异。

 

结论:由9个细胞死亡相关基因组成的新预后模型准确预测BRCA患者的生存率,这可能为与细胞死亡相关的BRCA治疗提供了一个新的视角。

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