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1.241分TCGA生信分析:铁死亡相关基因受甲基化调控并预测胶质母细胞瘤患者的预后

生信基础 管理员 126℃ 0评论

题目:Ferroptosis related genes are regulated by methylation and predict the prognosis of glioblastoma patients

杂志:Transl Cancer Res

日期:2022年2月28日

Doi:10.21037/tcr-21-2470

1.241分TCGA生信分析:铁死亡相关基因受甲基化调控并预测胶质母细胞瘤患者的预后插图

 

背景:多形性胶质母细胞瘤(GBM)是最具侵袭性的原发性脑肿瘤。铁死亡是一种参与调节肿瘤生物学行为的细胞死亡形式,有望成为肿瘤诊断和治疗的潜在生物标志物。

 

方法:使用TCGA生信分析和中国胶质瘤合作组(CGCGCG)数据集中的铁死亡相关基因的表达来构建预后预测模型,并通过实时聚合酶链反应(RT-qPCR)验证其表达。利用TCGA基因组和表观遗传学数据,分析了调节这些铁死亡相关基因表达的因素。

 

结果:使用15个与GBM预后相关的铁死亡相关基因建立了预后预测风险模型。该模型的曲线下面积(AUC)为0.907,对预测GBM的预后具有良好的实用性,可作为GBM患者的独立预后指标。通过RT-qPCR在30对独立的肿瘤和邻近组织中验证了这些风险基因的表达。对风险基因的基因组和表观遗传学生信分析发现,这些基因的表达主要受甲基化调节,而不是GBM中的拷贝数变异。

 

结论:研究提出的铁死亡相关特征可能预测GBM患者的预后,这些预后相关基因通常受甲基化调控。

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