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3.18分TCGA生信分析:多组学分析确定了携带KEAP1/NFE2L2的肺腺癌中具有临床相关性的不同亚型

生信基础 管理员 98℃ 0评论

题目:Multi-omics analysis identifies distinct subtypes with clinical relevance in lung adenocarcinoma harboring KEAP1NFE2L2

杂志:J Cancer

日期:2022年2月28日

Doi:10.7150/jca.66241

3.18分TCGA生信分析:多组学分析确定了携带KEAP1/NFE2L2的肺腺癌中具有临床相关性的不同亚型插图

 

背景:肺腺癌是最常见的恶性肿瘤之一,KEAP1-NFE2L2通路经常发生改变。KEAP1/NFE2L2突变型肺腺癌的生物学特征和内在异质性尚不清楚。

 

方法:从TCGA生信分析数据库获得多平台数据,以识别两种携带KEAP1/NFE2L2突变的肺腺癌亚型。进行生信分析,包括免疫微环境、甲基化水平和突变特征,以表征内在异质性。同时,初步结果通过使用普通肺腺癌细胞系的电子评估进行了验证,其揭示了突变亚型的一致特征。此外,根据公共数据集进行药物敏感性筛查。

 

结果:在89例TCGA患者中发现两种突变亚型(P1和P2)。与P1患者相比,P2患者吸烟水平显著升高,生存率更差。P2亚群的特征是活跃的免疫微环境和更多吸烟诱导的甲基化和体细胞突变的基因组改变。在20个突变细胞系中验证了相应的特征。已鉴定出几种对肺腺癌突变亚型敏感的化合物,如PI3K/Akt和IGF1R信号通路的抑制剂。

 

结论:KEAP1/NFE2L2突变型肺腺癌具有潜在的异质性,KEAP1/NFE2L2的内在异质性与免疫微环境和吸烟相关的基因组畸变有关。

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