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3.932分TCGA生信分析:基于microRNA表达的宫颈癌预后分子风险模型的建立

生信基础 管理员 136℃ 0评论

题目:Establishment of a molecular risk model for the prognosis of cervical cancer based on microRNA expression

杂志:Ann Transl Med

日期:2022年1月

Doi:10.21037/atm-21-6451

3.932分TCGA生信分析:基于microRNA表达的宫颈癌预后分子风险模型的建立插图

 

背景:在全球范围内,宫颈癌(CC)的发病率是女性生殖系统所有肿瘤中最高的。大量研究表明,microRNA(miRNA)的表达水平与癌症高度相关。研究旨在建立基于miRNA的CC分子预后模型,为CC患者提供更个性化的治疗。

 

方法:从中国医学科学院肿瘤医院和北京协和医科大学选择人体组织进行miRNA基因测序。CC转录组表达和临床数据从TCGA生信分析数据库下载。研究区分了CC miRNA序列和TCGA-CC的常见差异表达miRNA。为了获得分子预后模型,使用R软件包对常见差异表达的miRNA进行单变量Cox回归生信分析和LASSO回归生信分析。接下来,通过生存分析、ROC曲线生信分析以及TCGA-CC数据集中的单变量和多变量分析来评估模型性能。定量实时聚合酶链反应(qPCR)检测是为了验证miRNA的表达变化。Transwell用于验证分子在CC细胞迁移和侵袭中的作用。

 

结果:在TCGA-CC和CC-miRNA-seq、LASSO回归分析中区分了39个miRNA,以获得风险模型(风险分数=-0.310×hsa-miR-142-3p的表达+0.439×hsa-miR-100-3p的表达)。生存分析、ROC曲线分析、患者风险评估以及单变量和多变量分析表明,风险评分模型在评估患者生存率(P<0.01)、死亡风险和独立预后(P<0.01)方面具有良好的预测能力。临床样本和细胞的qPCR检测表明,hsa-miR-142-3p和hsa-miR-100-3p的表达与数据库分析结果一致。Transwell结果表明miR-142-3p是CC细胞迁移和侵袭的抑制因子,miR-100-3p是CC细胞迁移和侵袭的促进因子。

 

结论:12个miRNA-seq和TCGA-CC组织用于建立CC的预后模型。获得了一个双miRNA风险评分模型。结果为CC的个体化诊断和治疗提供了新的策略。

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