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6.244分TCGA生信分析:脑胶质瘤坏死性焦亡相关基因标记的临床和生物学意义

生信基础 管理员 114℃ 0评论

题目:Clinical and Biological Significance of a Necroptosis-Related Gene Signature in Glioma

杂志:Front Oncol

日期:2022年6月2日

Doi: 10.3389/fonc.2022.855434

6.244分TCGA生信分析:脑胶质瘤坏死性焦亡相关基因标记的临床和生物学意义插图

 

背景:作为一种新的细胞程序性死亡形式,坏死与多种肿瘤类型及其免疫微环境有关。然而,其与胶质瘤的关系尚未明确。

 

方法:从基因集富集生信分析(GSEA)数据库中获取尸体坏死基因。RNA-seq和临床数据从TCGA和CGGA数据库下载。基于单因素和多因素Cox回归生信分析构建了一个死亡基因特征。然后,进行生存分析、独立预后生信分析和nomogram生存分析模型评估与验证。随后,通过ESTIMATE和CIBERSORTx算法分析了肿瘤微环境(TME)和免疫细胞浸润情况。最后,利用肿瘤免疫功能障碍和排斥(TIDE)数据库预测TCGA数据库中胶质瘤患者对免疫检查点抑制剂(ICI)治疗的反应。

 

结果:7个预后性坏死基因中,RIPK1、RIPK3、FAS、FADD构建了准确预测胶质瘤患者预后的风险标志。功能富集结果提示坏死与免疫反应和血管生成有关。免疫生信分析显示,胶质细胞坏死可增强炎症活性,吸引免疫抑制细胞浸润,形成慢性炎症微环境,促进胶质瘤生长。此外,在TCGA队列中,高坏死基因表达的胶质瘤患者对由TIDE算法预测的ICI治疗有更好的反应。

 

结论:研究构建了一种脑胶质瘤坏死基因标记,有望作为预测脑胶质瘤患者预后的生物标志物,揭示脑胶质瘤坏死与免疫微环境的关系,为免疫治疗提供参考。

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