生信学习,咨询,代做,请关注公众号:生信风暴。或添加客服微信:ShengxinBoss1

2.89分TCGA生信分析:CCDC68 预测结直肠癌患者预后不良

生信基础 管理员 149℃ 0评论

题目:CCDC68 predicts poor prognosis in patients with colorectal cancer: a study based on TCGA data

杂志:J Gastrointest Oncol

日期:2022 年 4 月

Doi:10.21037/jgo-22-148

2.89分TCGA生信分析:CCDC68 预测结直肠癌患者预后不良插图

背景: 包含 68 的卷曲螺旋结构域 (CCDC68) 在结直肠癌 (CRC) 中的预后价值尚不清楚。我们基于癌症基因组图谱 (TCGA) 数据库评估了 CCDC68 在 CRC 中的作用。

方法: 从 TCGA 收集 CRC 患者。我们使用 Wilcoxon 秩和检验确定 CCDC68 表达。应用Logistic分析研究CCDC68表达与临床病理特征之间的关系。Cox 回归和 Kaplan-Meier 方法用于确定 CCDC68 对 CRC 患者临床结果的预测价值。还进行了基因集富集分析 (GSEA) 和单样本基因集富集分析 (ssGSEA) 以注释 CCDC68 的生物学功能。

结果: CRC 中 CCDC68 表达降低与 N 分期 [N1/N2N0 的优势比 (OR) =0.95]、M 期(M1M0 的 OR =0.91)、病理分期(OR =0.95 III 期/IV 期I 期/II 期),肿瘤类型(直肠腺癌结肠腺癌的 OR = 0.92),肿瘤蛋白 53 (TP53) 状态 [Mut(突变体)WT(野生型)的 OR = 0.93 type)] 和 kirsten 大鼠肉瘤病毒癌基因 (KRAS) 状态(MutWT)(所有 P 值 <0.05)。Kaplan-Meier 生存分析表明,低 CCDC68 表达的总生存期 (OS) (P=0.008)、无进展间期 (PFI) (P=0.006) 和疾病特异性生存期 (DSS) (P=0.023) 较差. Cox 回归分析显示,CCDC68 是 OS(P=0.047)、PFI(P=0.048)和 DSS(P=0.038)的危险因素。GSEA 证明趋化因子信号通路、Janus 激酶信号转导和转录激活因子 (JAK-STAT) 信号通路、高亲和力 IgE 受体 (FcεRI) 介导的核因子-κB (NF-κB) 激活、细胞粘附分子(CAM)、补体级联反应、FcεRI 介导的丝裂原活化蛋白激酶 (MAPK) 激活、用于免疫球蛋白 A (IgA) 产生的肠道免疫网络,和 Toll 样受体信号通路在 CCDC68 高表达表型中差异富集,而 Wnt 信号通路在 CCDC68 低表达表型中显着富集。SsGSEA 发现 CCDC68 表达与 T 辅助细胞 2 (Th2) 和 T 辅助细胞呈正相关。

结论: CCDC68 表达可能是结直肠癌患者生存不良的潜在预后分子标志物。此外,CCDC68 可能通过多种信号通路参与 CRC 的发展。

转载请注明:智汇基因 » 2.89分TCGA生信分析:CCDC68 预测结直肠癌患者预后不良

喜欢 (4)
发表我的评论
取消评论
表情

Hi,您需要填写昵称和邮箱!

  • 昵称 (必填)
  • 邮箱 (必填)
  • 网址