生信学习,咨询,代做,请关注公众号:生信风暴。或添加客服微信:ShengxinBoss1

4+TCGA生信分析:宫颈癌OPN的生物学和临床病理学特征

生信基础 管理员 117℃ 0评论

题目:Biological and Clinicopathological Characteristics of OPN in Cervical Cancers

杂志:Front Genet

日期:2022 年 5 月 20 日

Doi:10.3389/fgene.2022.836509. eCollection 2022

4+TCGA生信分析:宫颈癌OPN的生物学和临床病理学特征插图

背景:宫颈癌(CC)是最常见的妇科恶性肿瘤。最近,越来越多的研究表明,骨桥蛋白 (OPN) 是一种很有前途的 CC 诊断和预后生物标志物。然而,OPN 在 CC 中的生物学作用和详细机制仍不清楚。

方法:我们的研究中使用了癌症基因组图谱 (TCGA) 和基因表达综合 (GEO) 数据集和临床样本微阵列。为了确定 CC 中 OPN 的临床病理学特征,我们比较了正常和 CC 组织样本中 OPN 的表达,并分析了 OPN 表达与多种临床病理学特征之间的相关性。为了识别涉及 OPN 的生物过程,使用 Pearson 相关分析筛选 OPN 相关基因,并将其应用于标志基因集富集分析 (GSEA)。此外,基于 OPN 表达评估白细胞浸润。最后,GSEA 确定了 OPN 相关的信号通路。

结果:CC 样本中 OPN 表达高于正常组织样本,并且与年龄、FIGO 分期、肿瘤大小、淋巴血管侵犯和不良预后呈正相关。OPN相关基因主要富集在免疫反应中,OPN表达增加伴随着M2巨噬细胞浸润增加。此外,OPN 与缺氧、高糖酵解代谢、细胞凋亡、血管生成、上皮间质转化和多种信号通路(p53 通路、PI3K/Akt 通路、IL6/STAT3 信号通路、mTORC1 信号通路和 KRAS 信号通路)相关。

结论:我们的研究表明,OPN 参与免疫活动和多个肿瘤过程,将其确定为 CC 患者的潜在治疗靶点和有用的预后因素。

我们的研究是第一个利用生物信息学全面探索CC中OPN的生物学和临床病理学特征的研究。我们发现OPN的表达与年龄、FIGO分期、肿瘤大小、淋巴血管侵犯和不良预后呈正相关。此外,我们发现OPN参与免疫抑制、缺氧、高糖酵解代谢、细胞凋亡、血管生成、EMT和多种信号通路(p53通路、PI3K/Akt通路、IL6/STAT3信号通路、mTORC1信号通路和KRAS信号通路)。因此,OPN 代表了 CC 患者的潜在治疗靶点和有用的预后因素。

转载请注明:智汇基因 » 4+TCGA生信分析:宫颈癌OPN的生物学和临床病理学特征

喜欢 (1)
发表我的评论
取消评论
表情

Hi,您需要填写昵称和邮箱!

  • 昵称 (必填)
  • 邮箱 (必填)
  • 网址