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7+TCGA生信分析:鉴定一种新定义的与焦亡相关的长非编码 RNA 特征有助于预测膀胱癌的预后和肿瘤微环境

生信基础 管理员 271℃ 0评论

题目:Identifying a Novel Defined Pyroptosis-Associated Long Noncoding RNA Signature Contributes to Predicting Prognosis and Tumor Microenvironment of Bladder Cancer

杂志:Front Immunol

日期:2022 年 1 月 27 日

Doi:10.3389/fimmu.2022.803355. eCollection 2022

7+TCGA生信分析:鉴定一种新定义的与焦亡相关的长非编码 RNA 特征有助于预测膀胱癌的预后和肿瘤微环境插图

背景: 膀胱癌(BLCA)是泌尿道常见的恶性肿瘤,在男性中排名第六。大量研究表明,细胞焦亡和长链非编码 RNA (lncRNA) 在癌症的发展中发挥着重要作用。然而,焦亡相关 lncRNA 在 BLCA 中的作用及其预后价值仍不清楚。

方法: 在本研究中,我们基于癌症基因组图谱(TCGA)数据库,通过最小绝对收缩和选择算子(LASSO)Cox回归分析和Cox单变量分析构建了特征模型。12 种细胞焦亡相关 lncRNA 的表达也通过 qRT-PCR 在 BLCA 细胞系中得到证实。TIMER、XCELL、QUANTISEQ、MCPCOUNTER、EPIC 和 CIBERSORT R 脚本用于量化浸润免疫细胞的相对比例。通过 Spearman 分析计算相关系数。Kaplan-Meier 方法、Cox 回归模型和对数秩检验用于评估预后价值。pRRophetic 的 R 包用于预测常见化疗药物的 IC50。

结果: 共鉴定出12个具有重要预后价值的细胞焦亡相关lncRNA。通过 qRT-PCR 在四​​种 BLCA 细胞系中研究表达。然后,根据分界点确定高危组126例,低危组277例。低风险组的患者表现出显着的生存优势。此外,我们发现临床特征与风险评分显着相关。同样,基于 C 指数值,构建了列线图。基因集富集分析(GSEA)结果显示丝裂原活化蛋白激酶(MAPK)信号、转化生长因子(TGF)-β信号和WNT信号在高危人群中具有重要意义。此外,我们发现风险评分与 M0 巨噬细胞和 M2 巨噬细胞呈正相关。

结论: 总之,我们的研究表明细胞焦亡与 BLCA 密切相关。通过生存状态、肿瘤微环境、临床病理特征和化疗等各种临床特征评估了 12 种细胞焦亡相关 lncRNA 表达产生的风险评分。它可能为未来的研究提供重要的基础。

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