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7+TCGA生信分析:EVA1B 在结直肠癌中的分子特征、致癌作用以及相关的免疫和药物基因组学特征

生信基础 管理员 201℃ 0评论

题目:Molecular Characteristics, Oncogenic Roles, and Relevant Immune and Pharmacogenomic Features of EVA1B in Colorectal Cancer

杂志:Front Immunol

日期:2022 年 2 月 16 日

Doi:10.3389/fimmu.2022.809837. eCollection 2022

7+TCGA生信分析:EVA1B 在结直肠癌中的分子特征、致癌作用以及相关的免疫和药物基因组学特征插图

目的: EVA1B是一种蛋白质编码基因,是EVA1A基因的重要旁系同源物。在此,我们的研究旨在调查 EVA1B 在结直肠癌 (CRC) 进展和预后中的作用。

方法: 进行泛癌分析以分析EVA1B的表达、遗传和表观遗传改变以及免疫学特征。特别是,在组合的 TCGA-COAD 和 TCGA-READ 数据集中比较了高和低 EVA1B 表达组之间的免疫学特征和突变情况。通过随机生存森林分析,开发了一个源自 EVA1B 的基因组模型,并在外部数据集(GSE14333、GSE39582 和 GSE87211)中验证了其预后价值。在高风险和低风险亚群之间比较药物敏感性。通过整合独立因素进行列线图。

结果: EVA1B 表达在大多数癌症类型中呈现显着上调,尤其是 CRC。EVA1B 表达与 DNA 甲基转移酶、DNA 错配修复基因、m 6显着相关跨泛癌的调节剂、TMB 和 MSI。高 EVA1B 表达表明不良 CRC 患者的预后。此外,其上调与增强的免疫细胞浸润、增加的基质和免疫激活以及癌症免疫周期的活性升高有关。在高 EVA1B 表达亚群中研究了更高频率的扩增和缺失。经过验证,EVA1B 衍生的基因组模型可靠地预测了患者的预后和药物反应。列线图(年龄、阶段、EVA1B 衍生的风险评分)用于量化个体的生存概率。此外,我们基于免疫组织化学的实验验证表明,EVA1B 过表达与 CRC 肿瘤发生和我们的 CRC 患者队列中的不良结果相关。

结论: 总体而言,我们的研究进行了综合分析,以揭示 EVA1B 在 CRC 中的分子特征、致癌作用以及相关的免疫和药物基因组学特征。我们的研究结果表明,EVA1B 作为一个令人信服的预后标志物以及治疗反应的预测因子。

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