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3+TCGA生信分析:鉴定染色质调节剂特征和膀胱癌的潜在候选药物

生信基础 管理员 179℃ 0评论

题目:Identification of a chromatin regulator signature and potential candidate drugs for bladder cancer

杂志:Hereditas

日期:2022 年 2 月 7 日

Doi: 10.1186/s41065-021-00212-x

3+TCGA生信分析:鉴定染色质调节剂特征和膀胱癌的潜在候选药物插图

背景: 膀胱癌(BLCA)是一种预后不良的恶性肿瘤。越来越多的证据证实,染色质调节剂 (CRs) 与癌症进展有关。因此,我们旨在探讨 CRs 在 BLCA 患者中的功能和预后价值。

方法: 染色质调节剂(CRs)从以前的顶级研究中获得。从 TCGA 和 GEO 数据集下载 mRNA 表达和临床信息。进行Cox回归分析和最小绝对收缩和选择算子(LASSO)回归分析以选择预后基因并构建预测BLCA结果的风险模型。Kaplan-Meier 分析用于评估高危组和低危组之间的预后。我们还调查了高危组和低危组之间的药物敏感性差异。执行 CMAP 数据集以筛选用于治疗的小分子药物。

结果: 我们成功构建并验证了一个基于 11 个 CRs 的模型来预测 BLCA 患者的预后。此外,我们还发现 11 个基于 CR 的模型是一个独立的预后因素。功能分析表明,CRs 主要富集在癌症相关的信号通路中。基于 CR 的模型还与免疫细胞浸润和免疫检查点相关。高危组患者对丝裂霉素C、吉西他滨、顺铂等几种药物更为敏感。八种小分子药物可能有益于治疗 BLCA 患者。

结论: 总之,我们的研究为 BLCA 中 CR 的功能提供了新的见解。我们确定了 BLCA 患者生存的可靠预后生物标志物。

我们确定了可能涉及 BLCA 的癌变和进展的差异表达 CR。CRs在预测BLCA患者预后方面具有重要价值,靶向CRs显示出作为膀胱癌有效治疗的潜在应用。我们的研究也应该通过进一步的研究来验证。

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