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3+TCGA生信分析:头颈部鳞状细胞癌的潜在生物标志物和生存分析

生信基础 管理员 789℃ 0评论

题目:Identification of Potential Biomarkers and Survival Analysis for Head and Neck Squamous Cell Carcinoma Using Bioinformatics Strategy: A Study Based on TCGA and GEO Datasets

杂志:Biomed Res Int

日期:2019 年 8 月 7 日

Doi:10.1155/2019/7376034. eCollection 2019

3+TCGA生信分析:头颈部鳞状细胞癌的潜在生物标志物和生存分析插图

头颈部鳞状细胞癌(HNSCC)是一种常见的恶性肿瘤,其发病机制和基因标志物尚未确定。本研究的目的是确定与 HNSCC 相关的关键基因和通路,并进一步分析其分子机制和预后意义。在这项研究中,来自 Gene Expression Omnibus (GEO) 的表达谱芯片数据 GSE6631 包括来自 22 名患者的配对 HNSCC 肿瘤和正常样本;HNSCC的RNAseq三级数据集和来自癌症基因组图谱(TCGA)的相应临床信息包括12个正常头颈部组织和111个HNSCC样本组织的生物学信息。差异表达基因(DEGs)通过R软件筛选,DEGs通路富集分析通过DAVID、String和Sytoscape软件程序进行。结合GEO和TCGA数据库,我们利用生物信息学技术筛选出HNSCC中的50个DEGs,丰富了HNSCC的生物学功能和关键通路。然后,我们对这些 DEG 进行了基因本体论 (GO) 富集分析、京都基因和基因组百科全书 (KEGG) 信号通路分析、蛋白质-蛋白质相互作用 (PPI) 分析和生存分析。使用 CMap,我们确定了可能逆转 HNSCC 基因表达的候选小分子。最后,确定了四种最重要的小分子,它们可以为 HNSCC 的早期诊断和个体化控制提供更可靠的生物标志物。然后,我们对这些 DEG 进行了基因本体论 (GO) 富集分析、京都基因和基因组百科全书 (KEGG) 信号通路分析、蛋白质-蛋白质相互作用 (PPI) 分析和生存分析。使用 CMap,我们确定了可能逆转 HNSCC 基因表达的候选小分子。最后,确定了四种最重要的小分子,它们可以为 HNSCC 的早期诊断和个体化控制提供更可靠的生物标志物。然后,我们对这些 DEG 进行了基因本体论 (GO) 富集分析、京都基因和基因组百科全书 (KEGG) 信号通路分析、蛋白质-蛋白质相互作用 (PPI) 分析和生存分析。使用 CMap,我们确定了可能逆转 HNSCC 基因表达的候选小分子。最后,确定了四种最重要的小分子,它们可以为 HNSCC 的早期诊断和个体化控制提供更可靠的生物标志物。

综上所述,本研究通过综合分析HNSCC及邻近组织的基因表达谱、测序数据,识别HNSCC发生发展的关键基因和重要通路,从生物信息学的角度解释HNSCC的发病机制和诊断,也为HNSCC的发病机制和诊断提供了新的思路。开发 HNSCC 靶向抑制剂的方法。然而,HNSCC相关信号通路的作用仍不清楚,需要通过分子生物学研究和RT-PCR和Western Blot等实验在临床样本中进一步验证。

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