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7+TCGA生信分析:铁死亡相关 LncRNA 特征的鉴定和验证作为结肠癌的新预后模型

生信基础 管理员 203℃ 0评论

题目:Identification and Validation of Ferroptosis-Related LncRNA Signatures as a Novel Prognostic Model for Colon Cancer

杂志:Front Immunol

日期:2022 年 1 月 26 日

Doi: 10.3389/fimmu.2021.783362. eCollection 2021

 

背景: 铁死亡是一种新定义的程序性细胞死亡形式,在许多癌症中发挥着重要作用。然而,参与调节结肠癌的铁死亡相关lncRNAs(FRLs)尚不完全清楚。本研究旨在确定结肠癌的预后 FRL 特征并探索其潜在的分子功能。

方法: RNA-seq 数据和相关临床信息来自癌症基因组图谱(TCGA)数据库,铁死亡相关基因列表来自 FerrDb 网站。使用 R 软件中的“limma”包对差异表达的 FRL 进行分析。通过实施共表达分析和单变量 Cox 分析,我们确定了预后 FRL。使用具有最小绝对收缩和选择算子 (LASSO) 算法的 Cox 回归分析,我们构建了基于 4 个 FRL 的预后模型。我们使用 Kaplan-Meier (KM) 生存曲线分析和受试者工作特征 (ROC) 曲线分析评估了该模型的预后能力。此外,还探讨了特征与免疫景观、体细胞突变和药物敏感性之间的关系。最后,进行体外实验以验证AP003555.1和AC000584.1的功能。

结果: 构建了 4-FRL 签名。根据此签名计算的风险评分对两个风险组进行了分类。基于特征的风险评分在结肠患者中表现出比传统临床病理学特征更强大的生存预测能力。此外,我们观察到两组之间免疫细胞的显着差异,例如 CD4+ 和 CD8+ T 细胞和巨噬细胞。此外,高危组对某些化疗药物(如顺铂、多西他赛、博来霉素或阿西替尼)的 IC50 值较低。最后,体外实验表明,敲除 AP003555.1 和 AC000584.1 后,铁死亡过程受到抑制。

结论: 所提出的 4-FRL 特征是预测结肠癌患者临床结果和治疗反应的有前景的生物标志物。

在这项研究中,我们从结肠腺癌 (COAD) 数据集中获得了 RNA 测序 (RNA-seq) 数据,并最终确定了四个差异表达的 FRL,并开发了一个预后模型。然后,通过基因集富集分析(GSEA)、免疫浸润分析和化疗药物敏感性分析进一步分析了FRLs在结肠癌中的作用机制。最后,我们还初步验证了两种高表达 FRL在体外调节铁死亡中的作用。

我们的研究结果有助于预测结肠癌患者的预后,并为临床化疗和免疫治疗提供参考。

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