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5+TCGA生信分析:胶质母细胞瘤中潜在的预后生物标志物

生信基础 管理员 182℃ 0评论

题目:Construction of co-expression modules related to survival by WGCNA and identification of potential prognostic biomarkers in glioblastoma

杂志:J Cell Mol Med

日期:2021 年 2 月

Doi:10.1111/jcmm.16264. Epub 2021 Jan 15

5+TCGA生信分析:胶质母细胞瘤中潜在的预后生物标志物插图

胶质母细胞瘤(GBM)是一种预后较差的恶性脑肿瘤。潜在的发病机制和治疗靶点仍有待探索。在此,下载了 TCGA 表达谱数据和临床信息,并进行了 WGCNA。获得了与GBM预后不良密切相关的Hub基因。进一步分析了感兴趣的基因与GBM预后以及免疫微环境之间的关系。TCGA 患者分为高危组和低危组。WGCNA应用于高危组和低危组,确定保存最低的黑色模块,可以区分这两组的预后水平。获得与患者预后不良密切相关的前10个hub基因。GO分析显示这些基因的生物学过程主要集中在:细胞周期、孕酮介导的卵母细胞成熟和卵母细胞减数分裂。CDCA5和CDCA8被筛选出作为感兴趣的基因。我们发现它们的表达水平与总生存期密切相关。TCGA数据库的差异分析证明CDCA5和CDCA8均在GBM中高表达。用小干扰RNA转染U87-MG细胞后,发现CDCA5和CDCA8的敲低可以影响GBM细胞增殖、克隆形成和凋亡的生物学行为。然后,进行单基因分析。CDCA5和CDCA8均与p53信号通路中调节细胞周期的基因具有良好的相关性。此外,它揭示了 CDCA5 的高扩增与 CD8 相关。孕酮介导的卵母细胞成熟和卵母细胞减数分裂。CDCA5和CDCA8被筛选出作为感兴趣的基因。我们发现它们的表达水平与总生存期密切相关。TCGA数据库的差异分析证明CDCA5和CDCA8均在GBM中高表达。用小干扰RNA转染U87-MG细胞后,发现CDCA5和CDCA8的敲低可以影响GBM细胞增殖、克隆形成和凋亡的生物学行为。然后,进行单基因分析。CDCA5和CDCA8均与p53信号通路中调节细胞周期的基因具有良好的相关性。此外,它揭示了 CDCA5 的高扩增与 CD8 相关。孕酮介导的卵母细胞成熟和卵母细胞减数分裂。CDCA5和CDCA8被筛选出作为感兴趣的基因。我们发现它们的表达水平与总生存期密切相关。TCGA数据库的差异分析证明CDCA5和CDCA8均在GBM中高表达。用小干扰RNA转染U87-MG细胞后,发现CDCA5和CDCA8的敲低可以影响GBM细胞增殖、克隆形成和凋亡的生物学行为。然后,进行单基因分析。CDCA5和CDCA8均与p53信号通路中调节细胞周期的基因具有良好的相关性。此外,它揭示了 CDCA5 的高扩增与 CD8 相关。CDCA5和CDCA8被筛选出作为感兴趣的基因。我们发现它们的表达水平与总生存期密切相关。TCGA数据库的差异分析证明CDCA5和CDCA8均在GBM中高表达。用小干扰RNA转染U87-MG细胞后,发现CDCA5和CDCA8的敲低可以影响GBM细胞增殖、克隆形成和凋亡的生物学行为。然后,进行单基因分析。CDCA5和CDCA8均与p53信号通路中调节细胞周期的基因具有良好的相关性。此外,它揭示了 CDCA5 的高扩增与 CD8 相关。CDCA5和CDCA8被筛选出作为感兴趣的基因。我们发现它们的表达水平与总生存期密切相关。TCGA数据库的差异分析证明CDCA5和CDCA8均在GBM中高表达。用小干扰RNA转染U87-MG细胞后,发现CDCA5和CDCA8的敲低可以影响GBM细胞增殖、克隆形成和凋亡的生物学行为。然后,进行单基因分析。CDCA5和CDCA8均与p53信号通路中调节细胞周期的基因具有良好的相关性。此外,它揭示了 CDCA5 的高扩增与 CD8 相关。TCGA数据库的差异分析证明CDCA5和CDCA8均在GBM中高表达。用小干扰RNA转染U87-MG细胞后,发现CDCA5和CDCA8的敲低可以影响GBM细胞增殖、克隆形成和凋亡的生物学行为。然后,进行单基因分析。CDCA5和CDCA8均与p53信号通路中调节细胞周期的基因具有良好的相关性。此外,它揭示了 CDCA5 的高扩增与 CD8 相关。TCGA数据库的差异分析证明CDCA5和CDCA8均在GBM中高表达。用小干扰RNA转染U87-MG细胞后,发现CDCA5和CDCA8的敲低可以影响GBM细胞增殖、克隆形成和凋亡的生物学行为。然后,进行单基因分析。CDCA5和CDCA8均与p53信号通路中调节细胞周期的基因具有良好的相关性,CDCA5和CDCA8均与p53信号通路中调节细胞周期的基因具有良好的相关性。CDCA5和CDCA8均与p53信号通路中调节细胞周期的基因具有良好的相关性。此外,它揭示了 CDCA5 的高扩增与 CD8 + T 细胞相关,而 CDCA8 与 GBM 中的 CD4 + T 细胞。这些结果可能为GBM提供新的分子靶点和干预策略。

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