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8+TCGA生信分析:甲基腺苷调节因子和m6A相关RNA作为结直肠癌预后因素的综合分析

生信基础 管理员 226℃ 0评论

题目:Comprehensive analysis of N6-methylandenosine regulators and m6A-related RNAs as prognosis factors in colorectal cancer

杂志:Mol Ther Nucleic Acids

日期:2021 年 12 月 14 日

Doi: 10.1016/j.omtn.2021.12.007. eCollection 2022 Mar 8

8+TCGA生信分析:甲基腺苷调节因子和m6A相关RNA作为结直肠癌预后因素的综合分析插图

 

结直肠癌 (CRC) 是最常见的恶性肿瘤之一,近年来已成为全球癌症相关死亡的主要原因。N6-甲基腺苷(m6A)甲基化是各类RNA最丰富的表观遗传修饰,在促进癌症发展中发挥着至关重要的作用。在这里,我们从癌症基因组图谱(TCGA)获得了 CRC 的 SNV 和转录组数据。我们证明了大多数 m6A 甲基化调节因子在 CRC 患者中异常表达。m6A调节因子的异常表达是由它们不同的拷贝数变异(CNV)模式引起的,m6A调节因子的改变与预后和肿瘤分期显着相关。通过使用加权共表达网络分析 (WGCNA),我们确定了 m6A 相关的长链非编码 RNA (lncRNA) 和 mRNA;然后我们使用最小绝对收缩和选择算子 (LASSO) Cox 回归分析在 TCGA 数据集中构建 m6A 相关的 lncRNA 和 mRNA 预后特征。此外,还建立了具有临床病理学特征、lncRNA 风险评分和 mRNA 风险评分的列线图,显示出在训练和测试集中预测 CRC 个体总体生存率的强大能力。总之,m6A 甲基化调节因子在影响 CRC 受试者的预后中起着至关重要的作用,m6A 相关的 lncRNA 和 mRNA 揭示了 CRC 肿瘤发生和进展的潜在机制。建立了lncRNA风险评分和mRNA风险评分,在训练和测试集中表现出很强的预测CRC个体总体生存率的能力。总之,m6A 甲基化调节因子在影响 CRC 受试者的预后中起着至关重要的作用,m6A 相关的 lncRNA 和 mRNA 揭示了 CRC 肿瘤发生和进展的潜在机制。建立了lncRNA风险评分和mRNA风险评分,在训练和测试集中表现出很强的预测CRC个体总体生存率的能力。总之,m6A 甲基化调节因子在影响 CRC 受试者的预后中起着至关重要的作用,m6A 相关的 lncRNA 和 mRNA 揭示了 CRC 肿瘤发生和进展的潜在机制。

在这项研究中,我们通过评估 CRC 中的 RNA 表达、CNV 和临床病理学特征,对 19 个 m6A RNA 甲基化调节因子的情况进行了全面分析。m6A RNA甲基化调节因子的表达和CNV模式与CRC的恶性临床病理特征密切相关。与预后相关的 m6A 相关 lncRNA 和 mRNA 特征可能有助于个性化预测 CRC 预后,这些 RNA 能够作为特异性靶向 m6A 的 CRC 潜在生物标志物。最后,需要进一步的研究来确定 m6A 甲基化调节因子如何影响 RNA 并随后与 CRC 预后相关。

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