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4+乳腺癌WGCNA生信分析

生信基础 管理员 172℃ 0评论

题目:Identification of Important Modules and Biomarkers in Breast Cancer Based on WGCNA

杂志:Onco Targets Ther

日期:2020 年 7 月 12 日

Doi: 10.2147/OTT.S258439. eCollection 2020

4+乳腺癌WGCNA生信分析插图

 

简介: 乳腺癌(BRCA)在女性恶性肿瘤中发病率最高,这些患者的预后仍然很差。

材料与方法: 本研究通过加权基因共表达网络分析(WGCNA)鉴定了与BRCA相关的核心模块和中心基因。GSE25066的基因表达谱和临床数据来自基因表达综合(GEO)数据库。该结果通过癌症基因组图谱 (TCGA) 和 Oncomine 数据库的 RNA-seq 数据进行了验证。选择模块内连通性最高的前30个关键模块基因作为核心基因(R 2 = 0.40)。

结果: 根据 TCGA 和 Oncomine 数据集,选择了 7 个基因作为候选中心基因。经过进一步的实验验证,保留了四个中枢基因(FAM171A1、NDFIP1、SKP1 和 REEP5)。

结论: 我们确定了四个枢纽基因作为 BRCA 的候选生物标志物。这些中枢基因可能为针对 BRCA 的靶向治疗提供理论基础。

在这项研究中,我们通过 WGCNA 构建了一个共表达网络,并确定了具有显着临床特征的模块。我们选择了前 30 个模块内连接基因作为候选预后基因。在使用 Kaplan-Meier 绘图仪和 Oncomine 数据库进行验证后,我们选择了 7 个基因作为中心基因(FAM171A1、NDFIP1、SKP1、CIRBP、REEP5、BTF3 和 TBC1D9)。临床样本的qRT-PCR结果显示,与正常邻近组织相比,BRCA组织中4个基因(FAM171A1、NDFIP1、SKP1、REEP5)的表达显着下调(P<0.0001)。此外,免疫组织化学显示这些基因在正常样本中的表达高于在 HPA 数据集的肿瘤样本中观察到的表达。细胞活力 CCK8 和克隆形成分析也证实了 FAM171A1、NDFIP1、SKP1、REEP5能显着增强细胞增殖。上述结果表明,这四个中枢基因可能在 BRCA 中充当抑癌基因。WGCNA 聚类标准具有生物学意义。WGCNA独特的软阈值算法使得基因表达网络趋于自由尺度网络分布,结果具有更高的可靠性。然而,当组织被污染时,WGCNA 结果可能会出现偏差或无效。因此,我们对中枢基因进行了体外实验,以进一步确保其准确性。WGCNA独特的软阈值算法使得基因表达网络趋于自由尺度网络分布,结果具有更高的可靠性。然而,当组织被污染时,WGCNA 结果可能会出现偏差或无效。因此,我们对中枢基因进行了体外实验,以进一步确保其准确性。WGCNA独特的软阈值算法使得基因表达网络趋于自由尺度网络分布,结果具有更高的可靠性。然而,当组织被污染时,WGCNA 结果可能会出现偏差或无效。因此,我们对中枢基因进行了体外实验,以进一步确保其准确性。

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