生信学习,咨询,代做,请关注公众号:生信风暴。或添加客服微信:ShengxinBoss1

3.9分TCGA生信分析:通过加权基因共表达网络分析 (WGCNA) 开发基于八基因特征的食管鳞状细胞癌预后列线图

生信基础 管理员 194℃ 0评论

 

题目:Development of a prognostic nomogram based on an eight-gene signature for esophageal squamous cell carcinoma by weighted gene co-expression network analysis (WGCNA)

杂志:Ann Transl Med

日期:2022 年 1 月

Doi: 10.21037/atm-21-69353.9分TCGA生信分析:通过加权基因共表达网络分析 (WGCNA) 开发基于八基因特征的食管鳞状细胞癌预后列线图插图

 

背景: 食管鳞状细胞癌(ESCC)是一种侵袭性很强的恶性肿瘤。本研究旨在为 ESCC 开发一个稳健的预后模型。

方法: ESCC 的表达谱从 Gene Expression Omnibus (GEO) 和 The Cancer Genome Atlas (TCGA) 数据库下载。通过加权基因共表达网络分析(WGCNA)构建共表达模块。ESCC 和正常样本之间的差异表达基因 (DEG) 以调整后的 P 值 <0.05 和 log |fold change (FC)| 的筛选标准进行鉴定。>1。经过单变量和多变量Cox回归分析,构建了一个8基因模块。总生存期 (OS) 的受试者工作特征 (ROC) 曲线用于评估风险评分的预测效果。根据风险评分、年龄、性别和 1 年、2 年和 3 年生存期开发列线图。使用 Metascape 数据库预测了 8 个基因的潜在生物学功能和途径。

结果: 通过WGCNA构建了2个ESCC相关的共表达模块。在所有 DEG 中,鉴定了 55 个与 ESCC 相关的生存基因。基于这些基因,构建了一个8基因模块,由CFAP53、FCGR2A、FCGR3A、GNGT1、IGF2、LINC01524、MAGEA3MAGEA6组成。曲线下面积(AUC)为0.961,提示风险评分可以有效预测ESCC患者的OS。此外,列线图在预测 ESCC 患者 1、2 和 3 年的生存率方面表现出很高的准确性。这些基因主要参与ESCC相关通路,如细胞外基质组织、胶原形成和血管发育。

本研究在GSE23400GSE130078数据集中进行WGCNA,确定了与ESCC相关的共表达基因模块。然后,通过 Metascape 分析这些模块中的基因,揭示这些基因可能在 ESCC 中发挥重要作用。结合这些模块中的基因和 DEG,我们在 TCGA 数据库中确定了 8 个生存相关基因。由这8个基因组成的Cox回归模型在预测预后方面表现出良好的表现。同时对mRNA-lncRNA共表达网络进行分析,表明这8个基因表现出复杂的相互作用关系。综上所述,多数据集分析发现的8个基因可作为ESCC生物标志物,为ESCC研究提供一定的理论支持。

总之,WGCNA 确定了与 ESCC 相关的共表达模块。强大的 8 基因特征可以准确预测 ESCC 患者的预后。此外,构建了基于风险评分、年龄、性别和分期的预后列线图用于ESCC,这可能有利于早期诊断和治疗。在未来的研究中,这8个基因将在更多的临床试验中得到验证。

结论: 我们基于 8 基因风险评分的列线图可能是 ESCC 的可靠预后工具。

转载请注明:智汇基因 » 3.9分TCGA生信分析:通过加权基因共表达网络分析 (WGCNA) 开发基于八基因特征的食管鳞状细胞癌预后列线图

喜欢 (4)
发表我的评论
取消评论
表情

Hi,您需要填写昵称和邮箱!

  • 昵称 (必填)
  • 邮箱 (必填)
  • 网址