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3+TCGA生信分析:基于基质免疫评分和 WGCNA 和 ceRNA 网络分析的前列腺癌新诊断生物标志物的鉴定

生信基础 管理员 352℃ 0评论

题目:Identification of Novel Diagnostic Biomarkers in Prostate Adenocarcinoma Based on the Stromal-Immune Score and Analysis of the WGCNA and ceRNA Network

杂志:Dis Markers

日期:2022 年 1 月 15 日

Doi: 10.1155/2022/1909196. eCollection 2022

3+TCGA生信分析:基于基质免疫评分和 WGCNA 和 ceRNA 网络分析的前列腺癌新诊断生物标志物的鉴定插图

 

在未来十年,前列腺癌仍然是一个重大的全球健康负担。需要用于检测和预后的新型生物标志物来提高远处和晚期前列腺癌患者的生存率。肿瘤微环境是肿瘤生物学功能的重要驱动因素。为了研究肿瘤微环境中前列腺癌的 RNA 预后生物标志物,我们从癌症基因组图谱 (TCGA) 数据库中获得了相关数据。我们使用生物信息学工具估计恶性肿瘤组织中的基质和免疫细胞,使用表达数据(ESTIMATE)算法和加权共表达网络分析(WGCNA)来构建基于肿瘤微环境基质免疫评分的竞争性内源性 RNA(ceRNA)网络。然后,进行 Cox 回归模型以筛选与前列腺癌存活相关的 RNA。肿瘤基质中差异表达的基因谱显着丰富了微环境功能,如免疫反应、癌症相关通路和细胞粘附相关通路。基于这些差异表达的基因,我们构建了三个 ceRNA 网络,其中包含与前列腺癌肿瘤微环境相关的 152 个 RNA。Cox 回归分析筛选出 31 种 RNA 作为前列腺癌的潜在预后生物标志物。前列腺癌最有趣的 8 个预后生物标志物包括 lncRNA LINC01082、miRNA hsa-miR-133a-3p 和基因 TTLL12、PTGDS、GAS6、CYP27A1、PKP3 和 ZG16B。在这项针对肿瘤环境中 ceRNA 网络的系统研究中,我们筛选出潜在的生物标志物来预测前列腺癌的预后。我们的研究结果可能适用于改善前列腺癌临床管理和机制研究和治疗的新目标。

我们在前列腺癌微环境中构建了 ceRNA 网络,并确定了 lncRNA LINC01082、miRNA hsa-miR-133a-3p 和基因 TTLL12、PTGDS、GAS6、CYP27A1、PKP3 和 ZG16B 作为预测前列腺癌预后的潜在生物标志物。我们的研究结果可能适用于改善前列腺癌临床管理和机制研究和治疗的新目标。

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