生信学习,咨询,代做,请关注公众号:生信风暴。或添加客服微信:ShengxinBoss1

4+TCGA生信分析:基于WGCNA中枢基因筛选策略的肝细胞癌关键预后相关原癌基因FYN的新发现

生信基础 管理员 163℃ 0评论

题目:A new finding in the key prognosis-related proto-oncogene FYN in hepatocellular carcinoma based on the WGCNA hub-gene screening trategy

杂志:BMC Cancer

日期:2022 年 4 月 9 日

Doi: 10.1186/s12885-022-09388-5

 

背景: 肝细胞癌(HCC)是全球第三大致命癌症。肝癌的临床实践需要更多突破,需要新的治疗策略。本研究旨在确定与LIHC相关的基因的显着差异,并进一步分析其预后价值。

方法: 在这里,我们使用 TCGA-LIHC 数据库和来自 GEO 的 GSE25097 谱来探索与肿瘤旁(或健康)组织相比,HCC 组织中的差异共表达基因。然后,我们利用 WGCNA 筛选差异共表达的基因。最后,我们探讨了 FYN 在 HCC 细胞和异种移植肿瘤模型中的作用。

结果: 我们在蛋白质-蛋白质相互作用 (PPI) 网络中确定了 10 个中枢基因,但只有 3 个(COLEC10、TGFBR3 和 FYN)与预后密切相关。FYN的表达与HCC患者的预后呈正相关。异种移植模型显示,过表达FYN可显着抑制恶性肿瘤行为,促进肿瘤细胞凋亡。

有趣的是,当我们在 HCC 细胞中过表达FYN时,似乎FYN可能充当肿瘤抑制基因,因为它抑制 Hep3B 和 Huh-7 细胞的迁移和侵袭能力以及增殖。此外,FYN过表达显着抑制了肿瘤的定植和生长。再次,在 HCC 患者的组织芯片中,我们发现大多数 HCC 患者肿瘤组织中FYN的表达水平低于癌旁组织,并且FYN的表达水平越低。是,患者的预后更差。另一方面,在HCC的诊断中,FYN并不优于血清AFP。然而,FYN 和 AFP 联合作为 HCC 诊断标准明显优于 AFP。但是,由于这部分的样本数量较多,可能会导致产生的偏差。未来,样本量的扩大将进一步决定FYN对HCC的诊断价值,是否可以作为临床HCC诊断的补充诊断标准。

总之,我们的研究旨在通过 WGCNA 对 TCGA 数据库中的数据进行鉴定,以确定与 HCC 相关的中枢基因,并得出结论,三个功能基因(TGFBR3、COLEC10和FYN)在肿瘤和非肿瘤组织中高度差异表达。最后,通过进一步的体外和体内研究,我们初步证实了FYN的抗癌作用, FYN可能是一种很有前景的生物标志物,可用作HCC的预测和预后分子。此外,FYN对HCC患者的分子机制和诊断价值还需通过一系列实验进一步验证。

结论: 因此,FYN 可能是 LIHC 发展的核心,可能是临床诊断和治疗的新型生物标志物。

转载请注明:智汇基因 » 4+TCGA生信分析:基于WGCNA中枢基因筛选策略的肝细胞癌关键预后相关原癌基因FYN的新发现

喜欢 (0)
发表我的评论
取消评论
表情

Hi,您需要填写昵称和邮箱!

  • 昵称 (必填)
  • 邮箱 (必填)
  • 网址