生信学习,咨询,代做,请关注公众号:生信风暴。或添加客服微信:ShengxinBoss1

4+TCGA生信分析:综合分析将SPP1鉴定为宫颈癌的预后生物标志物

生信基础 管理员 195℃ 0评论

题目:Comprehensive Analysis to Identify SPP1 as a Prognostic Biomarker in Cervical Cancer

杂志:Front Genet

日期:2022 年 1 月 4 日

Doi: 10.3389/fgene.2021.732822. eCollection 2021

 

背景: SPP1,分泌型磷蛋白 1,是小整合素结合配体 N-连接糖蛋白 (SIBLING) 家族的成员。以往的研究已经证明SPP1在多种癌症中过表达并可被确定为预后因素,而没有研究探讨SPP1在宫颈癌中的功能和致癌机制。

方法:我们旨在使用癌症基因组图谱 (TCGA) 数据库证明SPP1表达与泛癌之间的关系。接下来,我们验证了 SPP1Gene Expression Omnibus (GEO) 数据库中宫颈癌的表达情况,包括 GSE7803、GSE63514 和 GSE9750。受试者工作特征 (ROC) 曲线用于评估SPP1作为曲线下面积 (AUC) 评分的区分因素的可行性。进行 Cox 回归和逻辑回归以评估与预后相关的因素。SPP1结合蛋白网络由 STRING 工具构建。R 包 clusterProfiler 的富集分析用于探索SPP1的潜在功能。来自 R 包 GSVA 和 TIMER 数据库的单样本 GSEA (ssGSEA) 方法用于研究免疫浸润水平与SPP1之间的关联在宫颈癌中的表达。

结果:泛癌数据分析表明,在包括宫颈癌在内的大多数癌症类型中,SPP1 的表达较高,我们在 GEO 数据库中得到了相同的结果。ROC 曲线表明SPP1可能是一种潜在的诊断生物标志物(AUC = 0.877)。高SPP1表达与较差的总生存期 (OS) 相关 ( P = 0.032)。进一步的富集和免疫浸润分析表明,高SPP1表达与调节中性粒细胞和某些免疫细胞类型(包括巨噬细胞和 DC)的浸润水平相关。

结论: SPP1宫颈癌组织中的表达高于正常宫颈上皮组织。它与预后不良和免疫细胞浸润显着相关。因此,SPP1可能成为宫颈癌患者有前景的预后生物标志物。

在我们的研究中,我们利用来自癌症基因组图谱 (TCGA)、基因表达综合 (GEO) 和基因型组织表达数据库的宫颈癌 RNA-seq 数据来比较正常宫颈组织和宫颈癌样本之间SPP1的差异表达. 接下来,我们研究了SPP1表达水平与宫颈癌临床病理特征之间的关系。此外,我们探讨了SPP1在宫颈癌中的预后价值。此外,我们进行了基因富集分析以揭示其潜在功能。最后,我们分析了SPP1表达与免疫浸润的关系,全面探讨了其诱导和促进宫颈癌的机制。

转载请注明:智汇基因 » 4+TCGA生信分析:综合分析将SPP1鉴定为宫颈癌的预后生物标志物

喜欢 (1)
发表我的评论
取消评论
表情

Hi,您需要填写昵称和邮箱!

  • 昵称 (必填)
  • 邮箱 (必填)
  • 网址