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5+TCGA生信分析:肺鳞状细胞癌焦亡相关基因特征的预后意义

生信基础 管理员 177℃ 0评论

题目:Prognostic Implications of Pyroptosis-Related Gene Signatures in Lung Squamous Cell Carcinoma

杂志:Front Pharmacol

日期:2022 年 1 月 27 日

Doi: 10.3389/fphar.2022.806995. eCollection 2022

 

背景:肺鳞状细胞癌(LUSC)是一种恶性程度很高的肿瘤,预后很差。证实细胞焦亡是指细胞以程序性和炎症方式死亡。然而,在 LUSC 中,与细胞焦亡相关的基因表达与其预后之间的相关性仍不确定。方法:利用癌症基因组图谱 (TCGA) 队列来评估焦亡相关基因的生存预后并构建具有多个基因的特征。进行最小绝对收缩和选择算子 (LASSO) Cox 回归以建立这种与细胞焦亡相关的基因特征。结果:最终,在 LUSC 和健康肺组织中鉴定了 28 个与细胞焦亡相关的基因。基于这些差异表达基因(DEGs),LUSC患者可分为两个亚型。使用 LASSO 建立了九个基因特征。与高风险组相比,低风险组的存活率明显更高(p < .001)。根据我们的发现,风险评分结合临床特征作为 LUSC 患者 OS 的独立预测因素。根据基因本体论(GO)和京都基因和基因组百科全书(KEGG)的分析,免疫相关基因的富集和高危人群的免疫状态下降。结论:与细胞焦亡相关的基因在肿瘤免疫中发挥着重要作用,能够预测 LUSCs 的预后。总之,LUSC组织中的细胞焦亡与LUSC密切相关,因为大多数细胞焦亡相关基因在健康组织和LUSC组织中表达不同。此外,基于与细胞焦亡相关的 9 个基因的风险标记生成的评分可作为预测 OS 的独立风险因素。两个风险组之间的差异与肿瘤免疫有关。该探索为预测LUSC预后提供了一种新的遗传标记,并为进一步研究与LUSC细胞焦亡和免疫相关的基因之间的关系提供了重要基础。

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