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5+TCGA生信分析:肝细胞癌实验鉴定焦亡相关的预后特征

生信基础 管理员 201℃ 0评论

题目:Identification of a Pyroptosis-Related Prognostic Signature Combined With Experiments in Hepatocellular Carcinoma

杂志:Front Mol Biosci

日期:2022 年 3 月 4 日

Doi:  10.3389/fmolb.2022.822503. eCollection 2022

 

肝细胞癌(HCC)是世界范围内最常见的恶性肿瘤之一,预后较差。有必要寻求改进诊断和治疗方法以改善预后。仍然缺乏一些有用的 HCC 预后标志物。焦亡是由炎性体引起的一种程序性细胞死亡。目前尚不清楚细胞焦亡相关基因(PRGs)是否参与HCC的预后。LIHC(肝细胞癌)患者的基因表达和临床数据从癌症基因组图谱(TCGA)和国际癌症基因组联盟数据库(ICGC)下载。在这项研究中,我们确定了 40 个在 LIHC 和正常肝组织之间差异表达的 PRG。基于 TCGA-LIHC 队列,用最小绝对收缩和选择算子(LASSO)惩罚Cox回归建立了9基因预测模型。根据 TCGA-LIHC 队列和 ICGC-LIHC 队列中的模型计算风险评分。利用 TCGA 队列的中位风险评分,来自 ICGC-LIHC 队列的 LIHC 患者被分为两个风险亚组。Kaplan-Meier (KM) 生存曲线表明,风险评分较低的患者总体生存率 (OS) 显着提高。结合临床特征,风险评分是预测 TCGA-LIHC 队列和 ICGC-LIHC 队列中 LIHC 患者 OS 的独立因素。进行功能富集和免疫功能分析。此外,基于风险评分、年龄、性别、肿瘤分期用于预测 LIHC 患者的死亡率。此外,对风险模型中的9个基因进行KM生存分析,其中CHMP4A、SCAF11、GSDMC结果差异显着,构建了ceRNA网络。基于SCAF11的核心作用,我们进行了功能丧失实验来探索SCAF11的功能体外。抑制 SCAF11 的表达抑制了肝癌细胞系的增殖,减弱了迁移和侵袭,并诱导了肝癌细胞系的凋亡。总之,焦亡相关模型和列线图可用于 LIHC 的临床预后预测。该研究首次证明SCAF11促进肝癌的进展。

总之,开发了 LIHC 患者中 9 个 PRG 的预后特征(GSDMC、NOD2、CHMP4A、NLRP6、CASP8、SCAF11、GPX4、CHMP6 和 CYCS)。此外,该模型具有良好的性能,并通过了 TCGA 和 ICGC 数据库的验证。同时,在 LIHC 中使用 PRG 构建了 ceRNA 网络。此外,我们的实验证实 SCAF11 作为一种致癌基因可能促进肝癌的进展。

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