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子宫内膜癌TCGA生信分析思路

生信基础 管理员 273℃ 0评论

题目:Identification of Key Prognostic-Related miRNA-mRNA Pairs in the Progression of Endometrial Carcinoma

杂志:Gynecol Obstet Invest

日期:2022 年 1 月 26 日

Doi: 10.1159/000520339. Online ahead of print

 

目的: 子宫内膜癌(EC)由于复发率高,是导致妇科癌症死亡的主要原因之一。然而,EC 进展的分子机制尚不清楚。本研究旨在鉴定与EC进展和预后相关的关键基因和miRNA,并发现潜在的mRNA-miRNA调控关系。

设计: mRNA和miRNA数据从癌症基因组图谱(TCGA)数据库下载。接下来,鉴定了差异表达基因(DEG)。随后,确定了与预后相关的基因和 miRNA,然后对这些 mRNA 和 miRNA 进行共表达分析。材料、设置和方法:mRNA 微阵列中的样本分为正常 (n = 35)、早期 (n = 385) 和晚期 (n = 153)。接下来,分别识别正常与早期和早期与晚期的 DEG,然后进行维恩分析以筛选 2 个比较组中的重叠 DEG。基于这些DEGs的表达水平,进行单变量Cox回归分析和Kaplan-Meier方法获得预后相关基因。此外,预测了基因相关的miRNA,和 miRNA-mRNA 共表达对被鉴定。然后,进行共表达的miRNA的存活分析。最后,确定关键基因的共表达基因,然后进行功能富集分析。

结果: 经过整合分析,获得了 326 个重叠(309 个上调和 17 个下调)的 DEG。单因素 Cox 回归分析显示,44 个 mRNA 和 8 个 miRNA 与 EC 的预后相关。结合共表达分析,仅获得了一个与预后相关的hsa-miR-326/ELFN2轴。此外,功能富集分析表明,ELFN2的共表达基因主要参与PI3K-Akt信号通路。

局限性: 这些发现是通过生物信息学分析获得的,因此迫切需要进一步的实验研究来验证我们的结果。

结论: 筛选了一个关键的 miRNA-mRNA 调节对 (hsa-miR-326-ELFN2)。该研究为 EC 进展的分子机制提供了生物信息学基础,并可能有助于识别新的治疗靶点。

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