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甲状腺癌TCGA生信分析免疫相关 lncrna 预后模型的建立与验证

生信基础 管理员 133℃ 0评论

题目:Construction and Validation of an Immune-Related lncRNA Prognosis Model for Thyroid Cancer

杂志:Comb Chem High Throughput Screen

日期:2022 年 2 月 23 日

Doi: 10.2174/1386207325666220223123917. Online ahead of print

 

背景: 免疫相关的长链非编码 RNA (lncRNA) 在癌症的发展中发挥着重要作用。本研究旨在鉴定甲状腺癌 (THCA) 中的免疫相关 lncRNA,并开发 THCA 的预后模型。

方法: 我们从基因集富集分析(GSEA)网站下载了免疫相关基因集,并从癌症基因组图谱(TCGA)数据库中获得了 THCA 基因表达和临床数据。然后通过对 lncRNAs 和免疫相关基因的表达进行相关性分析,获得免疫相关 lncRNAs。通过单变量 Cox 回归和多重 Cox 回归分析开发了 THCA 免疫相关 lncRNA 的预后模型。我们使用定量实时 PCR 方法证实了临床样本中的结果:在 THCA 中总共获得了 26 个免疫相关 lncRNA。然后我们构建了一个由 7 个 lncRNA(LINC01614、AC017074.1、LINC01184、LINC00667、ACVR2B-AS1、AC090673.1 和 LINC00900)组成的预后模型。我们的模型可以用作独立的预后因素。主成分分析表明,模型中的lncRNAs可以区分高危和低危人群。临床相关性分析显示,AC090673.1(P<0.05)、LINC01184(P<0.001)和LINC01614(P<0.001)的表达水平与疾病分期有关,LINC00900(P<0.001)和LINC01614(P< 0.001) 与 T 阶段有关。我们在 24 名 THCA 患者的癌症和癌旁组织中验证了该模型。

结论: 我们鉴定并通过实验验证了七种免疫相关 lncRNA,它们可以作为 THCA 预后的潜在生物标志物。

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