生信学习,咨询,代做,请关注公众号:生信风暴。或添加客服微信:ShengxinBoss1

5+TCGA生信分析:肝细胞性肝癌的预后价值

生信基础 管理员 267℃ 0评论

题目:The Prognostic Value of Lysine Acetylation Regulators in Hepatocellular Carcinoma

杂志:Front Mol Biosci

日期:2022 年 3 月 9 日

Doi: 10.3389/fmolb.2022.840412. eCollection 2022

5+TCGA生信分析:肝细胞性肝癌的预后价值插图

 

背景:肝细胞癌(HCC)是一种在全球范围内具有高发病率和死亡率的肿瘤。赖氨酸乙酰化调节剂(LARs)动态调节赖氨酸乙酰化修饰,这在癌症中起着重要的调节作用。因此,我们旨在探索 LARs 在 HCC 中的潜在临床预后价值。

方法:从癌症基因组图谱 (TCGA) 和国际癌症基因组联盟 (ICGC) 数据集获得正常肝脏和 HCC 组织中差异表达的 LAR。为了识别具有预后价值的基因并确定 LARs 的风险特征,采用了共识聚类。我们使用基于 LARs 的单变量 Cox 回归生存分析和 LASSO Cox 回归来确定 HCC 的独立预后特征。CIBERSORT 和基因集富集分析 (GSEA) 分别用于估计免疫浸润和功能富集分析。通过实时定量聚合酶链反应(RT-qPCR)检测LAR的表达。使用SPSS和R软件进行统计分析。结果:在本研究中,使用 TCGA 和 ICGC 数据集获得了 33 个 LARs 表达数据和相应的 HCC 临床信息。我们发现大多数 LARs 有差异表达。基于 TCGA 队列进行共识聚类分析,得到 3 个 HCC 亚型(聚类 1、2 和 3)。LA3 亚组的临床结果最差。确定了九个影响预后的关键 LAR。结果表明,无论是在训练数据集中还是在测试数据集中,LARs 特征在 HCC 患者中都具有很强的独立预后价值。GSEA结果显示,高危人群中各种肿瘤相关过程和途径丰富。RT-qPCR 结果显示 HAT1、HDAC1、HDAC2、HDAC4 和 HDAC11 在 HCC 细胞中高表达。在这项研究中,我们根据 LAR 对 368 名 HCC 患者进行了分组,并确定了三个预后不同的亚组。通过 LASSO-Cox 回归计算风险评分以建立 LARs 签名。我们还讨论了 LAR 风险模型与免疫力之间的关系。最后,我们进行了实验以验证 LARs mRNA 的表达。我们的研究结果揭示了 LARs 在 HCC 中的可能作用,这对于准确的 HCC 治疗具有重要意义。

结论:我们的研究结果表明,LARs 在 HCC 中起关键作用,有助于个体预后监测和 HCC 的临床决策。

转载请注明:智汇基因 » 5+TCGA生信分析:肝细胞性肝癌的预后价值

喜欢 (0)
发表我的评论
取消评论
表情

Hi,您需要填写昵称和邮箱!

  • 昵称 (必填)
  • 邮箱 (必填)
  • 网址