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4+TCGA结肠腺癌生信分析思路

生信基础 管理员 179℃ 0评论

题目:Immune ULBP1 is Elevated in Colon Adenocarcinoma and Predicts Prognosis

杂志:Front Genet

日期:2022 年 2 月 8 日

Doi: 10.3389/fgene.2022.762514. eCollection 2022

4+TCGA结肠腺癌生信分析思路插图

 

背景:结肠腺癌(COAD)仍然是全球癌症死亡的主要原因。尽管近年来免疫治疗取得了进展,但仍需要改进诊断、预后和治疗工具。UL-16 结合蛋白 1 (ULBP1) 是一种配体,可激活受体自然杀伤细胞组 2 受体 D (NKG2D),并发挥重要的免疫调节作用。我们旨在研究ULBP1在 COAD 中的临床意义。

方法:我们从癌症基因组图谱(TCGA)获得相关数据。本研究共纳入438例COAD患者,平均年龄67.1±13.03岁,其中男性234例(53.42%)。采用ROC曲线分析COAD肿瘤组织及癌旁组织的诊断价值。单变量和多变量生存分析考察了ULBP1基因的预后价值,并通过基因集富集分析(GSEA)曲线分析了ULBP1在COAD中的生物学过程和富集途径。联合生存分析研究了预后基因的联合预后作用。

结果: ULBP1基因对COAD有较高的诊断价值[AUC(TCGA)=0.959;AUC (广西) = 0.898]。上调与ULBP1基因下调的患者相比,COAD 患者的 ULBP1 基因预测预后更差调整后的 HR = 1.544, 95% CI = 1.020-2.337, p = 0.040)。GSEA表明ULBP1参与了T细胞介导的细胞毒性、自然杀伤细胞活化的调节和T细胞介导的COAD免疫的凋亡途径和生物学过程。组合生存分析表明,与低表达基因相比, ULBP1AARS1DDIT3高表达的组合会使COAD的死亡风险增加2.2倍。

我们的研究首次研究了免疫相关ULBP1基因在 COAD 中的诊断和预后价值。ULBP1基因在COAD中具有很高的诊断价值。与那些下调ULBP1基因的患者相比,COAD 患者的上调 ULBP1 基因预示着更差的预后。GSEA结果表明,ULBP1参与了T细胞介导的细胞毒性、自然杀伤细胞活化的调节和T细胞介导的COAD免疫的凋亡通路和生物学过程。组合生存分析表明,ULBP1、AARS1和DDIT3高表达的组合与低表达基因相比,COAD 的死亡风险将增加 2.2 倍。然而,这些发现需要进一步验证。

结论:免疫相关的ULBP1基因在 COAD 中具有诊断和预后价值。ULBP1AARS1和DDIT3基因的组合可以提高 COAD 的预后预测性能。

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