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2+TCGA生信分析: 自噬相关基因特征对胰腺导管腺癌预后的影响

生信基础 管理员 126℃ 0评论

题目:Prognostic Implications of an Autophagy-related Gene Signature in Pancreatic Ductal Adenocarcinoma

杂志:Am J Clin Oncol

日期:2022 年 3 月 1 日

Doi: 10.1097/COC.0000000000000890

 

背景: 胰腺导管腺癌(PDAC)难以诊断,对治疗有抵抗力,预后较差。自噬在 PDAC 的发育和进展中起着至关重要的作用。本研究旨在建立自噬相关基因 (ARG) 特征来预测 PDAC 患者的预后。

材料和方法: PDAC 和健康胰腺组织的表达谱分别来自 The Cancer Genome of Atlas (TCGA) 和 GTEx (Genotype-Tissue Expression) 数据库。对差异表达的 ARGs 进行单变量和多变量 Cox 回归分析,以确定最佳预后相关基因。

结果: 共有 73 个 ARG 在 PDAC 和健康胰腺组织之间的表达水平上有显着差异。通过富集分析确定了在生物过程中起关键作用的几种途径。此外,使用最小绝对收缩和选择算子 (LASSO) 回归基于与总体生存相关的 ARG(CASP4、BAK1、PIK3R4、CASP8、BIRC5、RPTOR 和 CAPN1)建立了 ARG 签名。Cox 回归分析证实,7 基因特征是 PDAC 患者的独立预后因素(P<0.001)。此外,GSE21501 和 GSE28735 数据集用于验证 PDAC 预后模型的预测价值。我们还构建了一个一致性指数为 0 的临床列线图。712通过整合临床特征和ARG特征来预测患者的总生存期。校准曲线证实了列线图预测和实际观察之间的良好一致性。

结论: 我们构建了一个新的 ARG 相关预后模型,它可以作为预后生物标志物,并为识别 PDAC 的潜在治疗靶点提供见解。

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