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2+TCGA生信分析:P53通路相关基因预测结肠癌的预后

生信基础 管理员 168℃ 0评论

题目:The p53 Pathway Related Genes Predict the Prognosis of Colon Cancer

杂志:Int J Gen Med

日期:2022 年 1 月 6 日

Doi: 10.2147/IJGM.S346280. eCollection 2022

2+TCGA生信分析:P53通路相关基因预测结肠癌的预后插图

 

背景:结肠癌是世界上最常见的恶性肿瘤之一。2020 年,全球确诊超过 57 万例死亡和 110 万例新病例。目前,结肠癌的主流治疗方法包括手术切除、放化疗、免疫治疗和靶向治疗。由于早期结肠癌患者没有任何症状,风险人群没有得到重视,大多数结肠癌患者在确诊时已经处于晚期。1因此,发现更多新的治疗靶点对于结肠癌的治疗至关重要。

p53 是一种抑癌基因。在超过 50% 的人类肿瘤组织中发现了 p53 基因的突变。已被证明在结肠腺瘤的癌变过程中起重要作用。p53基因编码的蛋白质是一种转录因子,主要分布在细胞核内,能与DNA特异性结合,控制细胞周期的启动。p53的正常生物学功能就像一个“基因组守护者”。在G1期,检查DNA损伤并监测基因组的完整性,如果有DNA损伤,p53蛋白会阻止DNA复制,为DNA修复提供足够的时间,如果修复失败,p53蛋白会触发细胞凋亡。5p53基因突变后,抑癌基因转化为癌基因。由于编码蛋白的空间构象发生变化,失去了对细胞生长、凋亡和DNA修复的调控,从而导致癌症的发生。p53基因的过表达与结肠癌患者术后较高的复发率和生存率相关已被广泛证实。此外,p53基因的过表达还与结肠癌的临床病理特征和化疗疗效有关。近年来,p53基因介导的细胞信号转导通路逐渐被人们认识。

鉴于p53基因在结肠癌发生及预后中的重要地位,有必要进一步阐明p53通路相关基因与结肠癌预后的关系。但是,目前还没有相关文献报道。本研究旨在阐明p53通路相关基因在正常结肠组织和结肠癌组织中的表达水平,分析这些基因的预后价值,探讨p53通路相关基因与肿瘤免疫微环境的相关性。

 

方法: 从癌症基因组图谱(TCGA)数据库下载结肠癌及邻近组织的mRNA数据集,分析两组基因的差异表达。然后,将P53通路相关基因与差异表达基因(DEGs)进行交叉,以获得P53通路相关差异表达基因。然后,通过一致的聚类分析比较聚类中的总生存期 (OS)、疾病特异性生存期 (DSS) 和无进展生存期 (PFS)。对 DEG 进行单变量和多变量 Cox 回归分析以获得与生存相关的 DEG。根据与生存相关的 DEG 计算每个样本的风险评分,并将患者分为高/低风险评分。预后差异、肿瘤免疫细胞浸润水平、

结果: 我们确定了 28 个 DEGs 和两个集群。两个集群之间的 PFS 存在显着差异(P=0.011),OS 和 DSS 之间没有显着差异。我们获得了与PFS显着相关的3个DEG(CDKN2A、BAK1、BTG1),CDKN2A被认为是独立的预后因素。PFS 在高/低风险评分组之间显示出统计学上的显着差异(P=0.015)。两组间免疫细胞浸润水平和免疫通路活性存在显着差异。

结论: p53通路相关基因与结肠癌患者的PFS显着相关,在调节肿瘤免疫微环境中发挥重要作用。

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