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5+TCGA子宫内膜癌生信分析:Pyroptosis 相关基因特征

生信基础 管理员 291℃ 0评论

题目:Roles of Pyroptosis-Related Gene Signature in Prediction of Endometrial Cancer Outcomes

杂志:Front Med (Lausanne)

日期:2022 年 3 月 1 日

Doi:  10.3389/fmed.2022.822806. eCollection 2022

 

子宫内膜癌(EC)是女性最常见的妇科恶性肿瘤之一,伴随发病率的增加和发病年龄的降低。焦亡在恶性肿瘤的发生、发展中起重要作用。然而,细胞焦亡相关基因与肿瘤预后之间的关系仍不清楚。在这项研究中,我们分析了正常样本和肿瘤样本之间癌症基因组图谱(TCGA)中 33 个细胞焦亡相关基因的表达水平和生存数据,我们获得了 6 个焦亡相关预后差异表达基因(DEGs)。然后,通过最小绝对收缩和选择算子(LASSO)回归分析,构建了由六个基因(GPX4、GSDMD、GSDME、IL6、NOD2和PYCARD)组成的基因特征,并将患者分为高危组和低危组。随后,两个队列中的 Kaplan-Meier (KM) 图、受试者工作特征 (ROC) 曲线和主成分分析 (PCA) 表明基因特征是一个有效的独立预后指标。富集分析和免疫浸润分析表明,高危人群一般免疫浸润细胞较低,免疫功能较弱。总之,我们构建并验证了与免疫浸润相关的细胞焦亡相关基因特征来预测EC的预后,并提出有助于EC的精确诊断和治疗。富集分析和免疫浸润分析表明,高危人群一般免疫浸润细胞较低,免疫功能较弱。总之,我们构建并验证了与免疫浸润相关的细胞焦亡相关基因特征来预测EC的预后,并提出有助于EC的精确诊断和治疗。富集分析和免疫浸润分析表明,高危人群一般免疫浸润细胞较低,免疫功能较弱。总之,我们构建并验证了与免疫浸润相关的细胞焦亡相关基因特征来预测EC的预后,并提出有助于EC的精确诊断和治疗。

在我们的研究中,我们成功地建立并验证了一个可以预测 EC 预后的 6 个焦亡相关基因(GPX4、GSDMD、GSDME、IL6、NOD2 和 PYCARD)的基因特征。这些基因与炎症和细胞死亡密切相关。然而,它们在细胞焦亡过程中如何相互作用仍有待深入研究。

在本研究中,我们旨在通过挖掘癌症基因组图谱(TCGA)中的数据来建立一种新的基因特征来预测 EC 的预后。该研究的总体设计和技术路线图如图所示图1. 为此,我们打算分析 TCGA 中 EC 患者的 mRNA 表达数据和临床信息,并确定与细胞焦亡相关的预后差异表达基因 (DEGs)。然后,通过最小绝对收缩和选择算子(LASSO)回归分析从训练集中建立一个与细胞焦亡相关的基因特征,并通过验证集进一步验证其预测性能。之后,我们计划对高危和低危人群的DEGs进行富集分析和免疫浸润分析。此外,我们建议验证基因特征中与焦亡相关的预后 DEG 的 mRNA 和蛋白质表达。总而言之,我们希望成功建立与细胞焦亡相关的基因特征,这可能有助于EC的诊断和治疗。

总之,我们构建并验证了与免疫浸润相关的细胞焦亡相关基因特征,以预测 EC 的预后。该基因特征为EC的预后预测提供了新的选择,有助于EC的精准诊断和治疗。

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