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4+TCGA生信分析: 探索结肠癌肿瘤微环境中的免疫相关预后特征

生信基础 管理员 134℃ 0评论

题目:Exploring Immune-Related Prognostic Signatures in the Tumor Microenvironment of Colon Cancer

杂志:Front Genet

日期:2022 年 2 月 24 日

Doi:  10.3389/fgene.2022.801484. eCollection 2022

 

背景:结肠癌是一种预后较差的常见恶性肿瘤。本研究的目的是探索结肠癌的免疫相关预后特征和肿瘤免疫微环境。

方法:UCSC Xena 平台的 TCGA-COAD 的 mRNA 表达数据和 ImmPort 数据库中的免疫相关基因 (IRGs) 列表用于识别免疫相关差异表达基因 (DEGs)。然后,我们构建了一个免疫相关风险评分预测模型,并在测试数据集、整个数据集和两个独立的 GEO 数据集上验证了它的预测性能。此外,我们探讨了高风险和低风险评分组之间肿瘤浸润免疫细胞类型、肿瘤突变负荷 (TMB)、微卫星状态以及免疫检查点及其配体的表达水平的差异。此外,基于用抗 PD-L1 药物治疗的免疫治疗队列 (Imvigor210) 研究了已识别的免疫相关特征在免疫治疗方面的潜在价值。

结果:七个免疫相关的 DEG 被确定为预后特征。计算构建的总体生存 (OS) 风险评分模型的曲线下面积 (AUC)(训练数据集:3 年时为 0.780,4 年时为 0.801,5 年时为 0.766;测试数据集:3 年时为 0.642, 4 年为 0.647,5 年为 0.629;整个数据集:3 年为 0.642,4 年为 0.647,5 年为 0.629)。在整个数据集的高危评分组中,患者的 OS 较差,TMN 分期较高,病理分期较高,TP53突变率较高(p < 0.05)。此外,高水平的静息 NK 细胞或 M0 巨噬细胞和高 TMB 与较差的 OS 显着相关(p< 0.05)。此外,我们观察到高危评分患者的PD-L1PD-1CTLA-4表达水平较高(p < 0.05)。在多个数据集中,高风险评分的患者比低风险评分的患者预后更差(GSE39582:p = 0.0023;GSE17536:p = 0.0008;未使用铂类治疗的免疫治疗队列:p = 0.0014;使用铂类治疗的免疫治疗队列:p = 0.0027)。

结论:我们开发了一个强大的免疫相关预后特征,在多个队列中表现出色,并探索了结肠癌患者肿瘤免疫微环境的特征,这可能为未来的预后和免疫治疗提供建议。

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