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4+TCGA生信分析:M5c 相关调节因子在结肠腺癌预后中潜在作用的探讨

生信基础 管理员 140℃ 0评论

题目:Exploration of Potential Roles of m5C-Related Regulators in Colon Adenocarcinoma Prognosis

杂志:Front Genet

日期:2022 年 2 月 24 日

Doi: 10.3389/fgene.2022.816173. eCollection 2022

 

目的:本研究的目的是调查 13 m 5 C 相关调节剂在结肠腺癌 (COAD) 中的作用并确定其预后价值。

方法:基因表达和临床病理学数据来自癌症基因组图谱(TCGA)数据集。用临床病理学特征和m 5 C相关调节剂内的改变分析m 5 C相关调节剂的表达。随后,确定了 COAD 患者的不同亚型。然后,通过以下方法证实了 COAD 中 m 5 C 相关调节因子的预后价值单变量 Cox 回归和最小绝对收缩和选择算子 (LASSO) Cox 回归分析。使用 Kaplan-Meier 方法、受试者工作特征 (ROC) 曲线评估风险评分的预后价值。探讨了两种 m 5 C 相关调节剂、风险评分和临床病理学特征之间的相关性。此外,还进行了基因集富集分析 (GSEA)、京都基因和基因组百科全书 (KEGG) 途径和基因本体论 (GO) 分析以进行生物功能分析。最后,通过定量逆转录-聚合酶链反应和人类蛋白质图谱数据库检测临床样本和细胞系中两种 m 5 C 相关调节因子的表达水平。

结果:m 5 C 相关调节因子被发现在 COAD 中差异表达,具有不同的临床病理学特征。我们观察到这些基因的高改变频率,这与它们的 mRNA 表达水平显着相关。确定了具有不同预后特征的两个集群。基于两个独立的预后 m 5C 相关调节因子(NSUN6 和 ALYREF),构建了具有良好预测意义的风险特征。单变量和多变量 Cox 回归分析表明风险评分是一个独立的预后因素。此外,这种风险特征可以作为具有不同临床特征的患者亚组的总生存期的预后指标。确定了与癌症、免疫反应和 RNA 加工相关的生物过程和途径。

在本研究中,我们首先发现m 5 C相关调节因子的表达与COAD患者的临床病理特征和OS存在显着相关性。这表明,使用 m 5 C 相关调节因子(NSUN6 和 ALYREF)获得的预后特征在 COAD 中具有重要价值,并且可以有效预测 COAD 患者的存活率。此外,鉴定了与 m 5 C 相关的 RNA 修饰相关的生物学过程和途径,这可能促进 COAD 的恶性发展,从而提高我们对 m 5作用的理解C相关的RNA修饰在COAD的发生和进展中。

结论:我们揭示了 COAD 中 m 5 C 相关调节因子的遗传特征和预后价值。总之,这提高了我们对 m 5的理解C RNA 修饰并为识别预测性生物标志物和开发 COAD 的分子靶向治疗提供了新的见解。

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