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4+TCGA生信分析:口腔鳞状细胞癌微环境预后相关基因的鉴定

生信基础 管理员 319℃ 0评论

题目:Identification of prognostic genes in oral squamous cell carcinoma microenvironment

杂志:Cancer Biomark

日期:2022 年 3 月 4 日

Doi: 10.3233/CBM-210432. Online ahead of print

 

背景: 大量研究揭示了肿瘤微环境(TME)在多种癌症中的临床意义。口腔鳞状细胞癌 (OSCC) 中的 TME 与临床结果之间的关联仍未解决。

目的: 本研究旨在展示 OSCC 的 TME 并确定预后标志物。

方法: 基因表达谱和临床数据 OSCC 患者来自 TCGA 数据库。经验证的阶段数据来自 Gene Expression Omnibus (GSE65858)。通过 ESTIMATE 算法计算每位患者的免疫/基质评分。进行了生物功能预测。通过生存分析鉴定的预后基因。使用列线图和接收者操作特征曲线来测试预测能力。TIMER 数据库用于评估免疫浸润。

结果: 男性患者的免疫评分较低(P=0.0107),口腔原发肿瘤部位不同,基质评分不同(P=0.0328)。差异表达基因(DEG)参与免疫相关途径。HGF基因(肝细胞生长因子)与预后相关,结合临床特征具有更好的预后表现(AUC=TCGA 0.638,AUC=GEO 0.714)。HGF与B细胞、CD4⁢¼⁢T细胞、CD8+T细胞、巨噬细胞、中性粒细胞和树突状细胞浸润显着相关。

结论: 目前的研究分析了 TME 并提出了 OSCC 的免疫相关预后生物标志物。

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